Stampa p-values ​​con <0,001

Question

Mi chiedo come inserire il simbolo <0.001 se il valore p è minore di 0.001 da utilizzare in Sweave. Qualsiasi aiuto sarà molto apprezzato. Grazie

ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14) 
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69) 
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt")) 
weight <- c(ctl, trt) 
lm.D9 <- lm(weight ~ group) 
summary(lm.D9)$coef 

      Estimate Std. Error t value  Pr(>|t|) 
(Intercept) 4.8465 0.1557174 31.12368 4.185248e-17 
group1  -0.1855 0.1557174 -1.19126 2.490232e-01 

output desiderato

  Estimate Std. Error t value  Pr(>|t|) 
(Intercept) 4.8465 0.1557174 31.12368 <0.001 
group1  -0.1855 0.1557174 -1.19126 0.249 

Answer 1

Ci sono due funzioni principali che uso, format.pval e questa che ho strappato da gforge e ottimizzato.

ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14) 
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69) 
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt")) 
weight <- c(ctl, trt) 
lm.D9 <- lm(weight ~ group) 
tmp <- data.frame(summary(lm.D9)$coef) 
tmp <- setNames(tmp, colnames(summary(lm.D9)$coef)) 
tmp[ , 4] <- format.pval(tmp[ , 4], eps = .001, digits = 2) 

tmp 
#    Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) 
# (Intercept) 5.032 0.2202177 22.85012 <0.001 
# groupTrt  -0.371 0.3114349 -1.19126  0.25 

Mi piace questo perché toglie precisione da pvalues> 0,1 (o qualsiasi altra cosa che ti piace di soglia, se volete qualcosa di diverso, cioè, a prescindere dalla digits, si mantiene solo due cifre decimali se i valori sono> .1), mantiene gli zeri finali (vedi esempio sotto) e aggiunge nello < come vuoi per un certo livello di precisione (qui 0,001).

pvalr <- function(pvals, sig.limit = .001, digits = 3, html = FALSE) { 

    roundr <- function(x, digits = 1) { 
    res <- sprintf(paste0('%.', digits, 'f'), x) 
    zzz <- paste0('0.', paste(rep('0', digits), collapse = '')) 
    res[res == paste0('-', zzz)] <- zzz 
    res 
    } 

    sapply(pvals, function(x, sig.limit) { 
    if (x < sig.limit) 
     if (html) 
     return(sprintf('&lt; %s', format(sig.limit))) else 
      return(sprintf('< %s', format(sig.limit))) 
    if (x > .1) 
     return(roundr(x, digits = 2)) else 
     return(roundr(x, digits = digits)) 
    }, sig.limit = sig.limit) 
} 

E esempi:

pvals <- c(.133213, .06023, .004233, .000000134234) 
pvalr(pvals, digits = 3) 
# [1] "0.13" "0.060" "0.004" "< 0.001"