R EnvironmentError: Impossibile trovare Ghostscript sul percorso. RWebLogo

Question

Mi sono imbattuto in un problema strano che non posso correggere in alcun modo e speravo che qualcuno qui potesse avere una migliore comprensione di cosa non va;

io sono in grado di usare il pacchetto RWebLogo - anche eseguire gli esempi più semplici a causa della stessa mancante errore Ghostscript.

ad es. running:

library(RWebLogo) 
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA') 
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf') 

Lanci questo errore: ghostscript

Traceback (most recent call last): 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module> 
    weblogolib._cli.main() 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main 
    formatter(data, format, opts.fout) 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter 
    gs = GhostscriptAPI()  
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__ 
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path." 
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path 

Ho installato ver 9.15 con configure/make/install nel terminale e poi aggiunto il PATH per colpire profilo ed eseguito esso. Quando eseguo gs nel terminale funziona, confermando che è impostato sul percorso di sistema, ma lo stesso errore si verifica ancora. Anche dopo il riavvio.

Ho provato ad aggiungere le gs all'ambiente in R direttamente:

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs") 

che inoltre non ha aiutato ... dà esattamente lo stesso errore. Quando cerco l'ambiente R mostra che gs è lì.

Importante informazioni sulla versione:

MAC: OS Yosemite 10.10.1; 
R version 3.1.1 (2014-07-10); 
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3 

Sapete di qualsiasi problema che potrebbe avere causare questo problema? Sono nuovo alla programmazione, quindi sono preoccupato che possa mancare qualcosa di base. Sarei grato per qualsiasi consiglio. Grazie!

Answer 1

ho ottenuto in contatto con Omar, l'autore di RWebLogo, e lui è stato molto utile per individuare i miei problemi e risolvere il problema.

In primo luogo, si consiglia di eseguire il RWebLogo su una sequenza di test sul terminale: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs .txt -o ~/Desktop/out.pdf -F pdf

Cambiare la directory di base (tutto prima extdata/weblogo ...) dello script di cui sopra per essere tutto ciò che il comando seguente fornisce in R:

system.file(package = 'RWebLogo') 

L'ho eseguito e ottenuto un nuovo errore: la mancanza di numpy. In realtà ho avuto il numpy installato, ma senza privilegi di utente completo. Dopo aver reinstallato numpy, RWebLogo è stato eseguito correttamente dal terminale.

Eppure, il RStudio stava gettando un errore di GhostScript. Omar ha suggerito che c'è un problema con una versione precedente di RStudio in esecuzione su Yosemite (attualmente ho 10.10.1), e mi ha inviato un collegamento a una versione RStudio aggiornata in cui il problema è stato risolto.

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

ho avuto l'aggiornato RStudio e tutto funziona alla grande lì adesso. Spero che questo aiuti qualcuno con un problema simile!