Come scoprire quale versione del pacchetto è stata caricata in R?

Question

Sono in procinto di capire come utilizzare il mio cluster universitario. Ha 2 versioni di R installate. System wide R 2.11 (Debian 6.0) e R 2.14.2 in posizione non standard.

Sto cercando di utilizzare MPI insieme alla neve. Il codice che sto cercando di eseguire è la seguente

library(snow) 
library(Rmpi) 
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1) 
stopCluster(cl) 
mpi.quit() 

Funziona senza problemi su R 2.11. (Lancio la sceneggiatura con mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Ora, quando provo a farlo con R 2.14.2, ricevo il seguente messaggio:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1 
In addition: Warning message: 

così sembra che R carica la versione del pacchetto neve compilato per R 2.11. Ho installato neve sotto R 2.14 nella mia cartella home e ho aggiunto le seguenti righe al mio codice:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library") 
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11") 
print(.libPaths()) 
print(sessionInfo()) 
print(version) 

E l'uscita prima che l'errore conferma che sono davvero in esecuzione R 2.14.2 e la mia cartella di pacchetti R è il primo nel percorso di ricerca. Ma ho ancora l'errore.

Quindi la mia domanda è: come determinare quale versione del pacchetto viene caricata in R? Posso vedere con installed.packages tutti i pacchetti che sono installati, quindi forse c'è qualche funzione che elenca le informazioni simili per i pacchetti caricati?

Answer 1

È possibile utilizzare sessionInfo() per ottenere ciò.

> sessionInfo() 
R version 2.15.0 (2012-03-30) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] graphics grDevices utils  datasets stats  grid  methods base  

other attached packages: 
[1] ggplot2_0.9.0 reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] colorspace_1.1-1 dichromat_1.2-4 digest_0.5.2  MASS_7.3-18  memoise_0.1  munsell_0.3  
[7] proto_0.3-9.2  RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0  stringr_0.6  
> 

Tuttavia, come per i commenti e la risposta qui sotto, ci sono opzioni migliori

> packageVersion("snow") 

[1] '0.3.9'

O:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces() 

Answer 2

Per controllare la versione di R esecuzione: R --version

O dopo sei nella shell R stampare il contenuto di version$version.string

EDIT

Per verificare la versione dei pacchetti installati effettuare le seguenti operazioni.

Dopo il caricamento della libreria, è possibile eseguire sessionInfo()

Ma per conoscere l'elenco di tutti i pacchetti installati:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version")) 
packinfo[,c("Package", "Version")] 

O per estrarre una versione specifica libreria, una volta che avete estratto le informazioni utilizzando il Funzione installed.package come sopra, basta usare il nome del pacchetto nella prima dimensione della matrice.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")] 
packinfo["graphics",c("Package", "Version")] 

È possibile che stamperà le versioni della libreria RANN e la libreria grafica.

Answer 3

È possibile utilizzare packageVersion per vedere quale versione di un pacchetto viene caricato

> packageVersion("snow") 
[1] ‘0.3.9’ 

Anche se suona come si vuole vedere quale versione di R è in esecuzione, nel qual caso @sessionInfo suggerimento di Justin è il modo andare

Answer 4

Si può provare qualcosa di simile:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Answer 5

Utilizzare il seguente codice per ottenere la versione di pacchetti R installati nel sistema:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version")) 

Answer 6

Sulla base delle risposte precedenti, ecco un modo semplice alternativa di stampa la versione R, seguita dal nome e dalla versione di ogni pacchetto caricato nello spazio dei nomi. Funziona nel taccuino Jupyter, dove ho avuto problemi con sessionInfo() e R --version.

print(paste("R", getRversion())) 
print("-------------") 
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) { 
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name))) 
} 

Out:

[1] "R 3.2.2" 
[1] "-------------" 
[1] "AnnotationDbi 1.32.2" 
[1] "Biobase 2.30.0" 
[1] "BiocGenerics 0.16.1" 
[1] "BiocParallel 1.4.3" 
[1] "DBI 0.3.1" 
[1] "DESeq2 1.10.0" 
[1] "Formula 1.2.1" 
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1" 
[1] "GenomicRanges 1.22.3" 
[1] "Hmisc 3.17.0" 
[1] "IRanges 2.4.6" 
[1] "IRdisplay 0.3" 
[1] "IRkernel 0.5" 

Answer 7

Utilizzare il metodo R packageDescription per ottenere la descrizione del pacchetto installato e per la versione basta usare $Version come:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version 
[1] "1.1-6" 

Answer 8

Tecnicamente parlando, tutte le risposte a questa volta sono sbagliati. packageVersion non restituisce la versione del pacchetto caricato. Va sul disco e recupera la versione del pacchetto da lì.

Questo non farà la differenza nella maggior parte dei casi, ma a volte lo fa. Per quanto posso dire, l'unico modo per ottenere la versione di un pacchetto caricato è piuttosto hacker:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]] 

dove pkg è il nome del pacchetto.

EDIT: Non sono sicuro di quando è stato aggiunto questa funzione, ma è anche possibile utilizzare getNamespaceVersion, questo è più pulita:

getNamespaceVersion(pkg) 

Answer 9

soluzione GUI:

Se si utilizza RStudio allora si può controllare la versione del pacchetto nel riquadro Packages.

Answer 10

Search() può dare una lista più semplificata dei pacchetti allegati in una sessione (cioè senza le informazioni dettagliate data dal sessionInfo())

ricerca {di base} - R Documentazione
Descrizione: fornisce un elenco di pacchetti allegati.Search()

search() 
#[1] ".GlobalEnv"  "package:Rfacebook" "package:httpuv" 
#"package:rjson"  
#[5] "package:httr"  "package:bindrcpp" "package:forcats" # 
#"package:stringr" 
#[9] "package:dplyr"  "package:purrr"  "package:readr"  
#"package:tidyr"  
#[13] "package:tibble" "package:ggplot2" "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"  
#[17] "package:stats"  "package:graphics" "package:grDevices" 
#"package:utils"  
#[21] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   
#"package:base"