Interpolazione lungo le sezioni di immagine 2D

Question

Ho un set di fette di immagini 2-D della stessa dimensione. Ho usato MATLAB per impilarli per creare dati volumetrici. Mentre la dimensione delle sezioni 2-D è di 480x488 pixel, la direzione in cui le immagini sono impilate non è sufficientemente ampia da visualizzare il volume con un diverso orientamento quando proiettato. Ho bisogno di interpolare lungo le sezioni per aumentare le dimensioni per la visualizzazione.

Qualcuno può darmi un'idea o un suggerimento su come farlo?

Edit: Anotated proiettato microscopia-immagini

La figura 1 è la vista dall'alto del volume previsto.

La figura 2 è la vista laterale del volume proiettato.

Quando cambio l'angolo di rotazione e cerco di visualizzare il volume con un orientamento diverso, ad es. vista laterale (figura 2), è quello che vedo come in figura 2.

Desidero espandere la vista laterale interpolando lungo le sezioni di immagine.

Answer 1

MATLAB ha una funzione interp3 che può essere utilizzata per l'interpolazione, presupponendo che i dati siano uniformemente discretizzati.

Controllare il documentation.

Spero che questo aiuti.

EDIT: La funzione MATLAB interp3 funziona come segue:

vi = interp3(x, y, z, v, xi, yi, zi); 

Presumo che la "pila" di fette definisce le matrici x, y, z, v come 3D array, dove x, y sono le coordinate dei pixel nel piano, z è l'altezza di ogni sezione e v sono le sezioni effettive dell'immagine, forse come valori di "intensità" per i pixel.

Se si desidera interpolare nuove sezioni di immagine a valori intermedi z, è possibile specificare questi livelli nell'array zi. Gli array xi, yi rappresenterebbero nuovamente le coordinate dei pixel nel piano.

Answer 2

Ecco un esempio tratto dal MATLAB documentation su come visualizzare i dati volumetrici (simile al tuo) utilizzando isosurfaces:

%# load MRI dataset: 27 slices of 128x128 images 
load mri 
D = squeeze(D);  %# 27 2D-images 

%# view slices as countours 
contourslice(D,[],[],1:size(D,3)) 
colormap(map), view(3), axis tight 

%# apply isosurface 
figure 
%#D = smooth3(D); 
p = patch(isosurface(D,5)); 
isonormals(D, p); 
set(p, 'FaceColor',[1,.75,.65], 'EdgeColor','none') 
daspect([1 1 .5]), view(3), axis tight, axis vis3d 
camlight, lighting gouraud 

%# add isocaps 
patch(isocaps(D,5), 'FaceColor','interp', 'EdgeColor','none'); 
colormap(map) 

Answer 3

ho creato una funzione per interpolare lungo sezioni dell'immagine. Segue il codice:

function res = interp_along_slices(vol, scale) 
    % Interpolation along the image slices 

    % Get the size of the volume 
     [r c p] = size(vol); 

    % Pre-allocate the array: 
    % the third dimension is scale times the p 
     vol_interp = zeros(r,c,scale*p); 

    % interpolate along the image slices 
     for inr = 1:r; 
      for jnr = 1:c; 
       xi = vol(inr,jnr,:); 
       vol_interp(inr,jnr,:) = interp(xi, scale); 
      end; 
     end; 

     res = vol_interp; 

    end