Modo efficiente di convertire matrici di adiacenza di grandi dimensioni in liste di bordi in MATLAB?

Question

devo grandi matrici sparse adiacenza con circa nodi 1M, che sto elaborazione con MATLAB. Voglio convertire queste matrici negli elenchi di bordo della rete nel modo più efficiente possibile. Come matrice esempio adiacenza per illustrare questo:

 
adj = 
    1  0  1  0 
    0  0  1  1 
    0  0  1  0 
    0  1  0  0 

E l'uscita chiamo un elenco bordo rete qui è:

 
>> adj2edgeList_Alex(adj) 
ans = 
    0  0 
    0  2 
    1  2 
    1  3 
    2  2 
    3  1 

Questo codice che devo farlo stalle per tempo.

 
function edge_list = adj2edgeList_Alex(graph) 

edge_num = length(logical(graph > 0)); 
edge_list = zeros(edge_num,2); 
row_ind = 1; 
for ii=1:size(graph,2) 
    ind_temp = find(graph(ii,:)==1); 
    if(isempty(ind_temp) == 0) 
     ind_temp = ind_temp - 1; 
     edges_iter = length(ind_temp); 
     node_num = ii - 1; 
     edge_list(row_ind:row_ind+edges_iter-1,:) = ... 
      [(node_num)*ones(1,edges_iter);ind_temp]'; 
      row_ind = row_ind + edges_iter; 
    end 
end 

C'è una modifica per accelerare? Un'altra funzione o toolbox che può funzionare meglio?

Answer 1

È possibile utilizzare find():

[r,c] = find(adj) 
edges = [r,c]; 

Si noti che gli indici di MATLAB dal 1 non 0, ma è possibile rebase semplicemente edges-1.