Mi piacerebbe fare una semplice catena markov del primo ordine in R. So che ci sono pacchetti come MCMC, ma non è stato possibile trovarne uno per visualizzarlo graficamente. È possibile? Sarebbe bello se con una matrice di transizione e uno stato iniziale, si possa vedere visivamente il percorso attraverso la catena del markov (forse devo farlo a mano ...).Simple Markov Chain in R (visualizzazione)
Grazie.
Forse questa query su Biostar può aiutarti: Visualizing HMM files of HMMER3. Indica due applicazioni esterne, LogoMat-M e HMMeditor, per la visualizzazione di Profile Hidden Markov Models (pHMM).
Questo mostra come applicare una matrice di transizione casuale per un particolare vettore di partenza: c (1,0,0,0):
set.seed(123)
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4)
# need entries to be positive, could have used abs()
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1
tmat
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394
require(expm) # for the %^% function
matplot(t( # need to transpose to get arguments to matplot correctly
sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x))))
Si può vedere che si avvicina equilibrio: 
Ricevo 'Errore: imprevisto '[' in" [" Esecuzione arrestata ' –
Mi dispiace. Il codice funziona ancora esattamente con quell'output in R 3.1.2 –
Hmm ... sembra funzionare in Rstudio (anche se stampa 'Errore: imprevisto' ['in "[" '), ma non quando eseguo come Rscript via bash. Hai qualche idea del perché? –
Il pacchetto coda (http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html) contiene strumenti per l'analisi dei risultati MCMC, tra cui alcune funzionalità di tracciamento.
grazie ragazzi, questo è quello che ho cercato! – user1028531
È possibile utilizzare il pacchetto markovchain R, che modella le catene di Markov di tempo discreto e contiene una funzione di tracciatura basata sul pacchetto di igraph.
library(markovchain) #loading the package
myMatr<-matrix(c(0,.2,.8,.1,.8,.1,.3,0,.7),byrow=TRUE,nrow = 3) #defining a transition matrix
rownames(myMatr)<-colnames(myMatr)<-c("a","b","c")
myMc<-as(myMatr, "markovchain")
plot(myMc)
Non ho dimestichezza con i pacchetti in questo settore, ma se non riesci a trovare un comando in scatola tramando ti piace, si può sempre estrarre le matrici da soli e tracciare loro: http://stackoverflow.com/questions/5453336/r-plot-correlation-matrix-in-a-graph –
grazie. questa sarebbe un'altra idea nel caso in cui non esistesse nulla del genere :). – user1028531
un po 'più di chiarezza o un esempio grezzo di ciò che vuoi sarebbe utile: le risposte qui sotto sono tutte sulla mappa perché le persone sono interpretate in modo diverso. –