Perché RStudio, durante la compilazione di un file .HTML da .Rmd, tenta di leggere il file .RProfile? Voglio dire, premo il pulsante "Knit HTML", e quindi effettivamente tenta di eseguire tutto ciò che ho in .RProfile, carica ogni libreria menzionata lì e quindi non riesce a cercare di procurarmi file esterni (ho un mucchio di auto- funzioni di cui .RProfile, linee come source('/Users/me/.rstudio-desktop/lib/lib.stocks.R'), eccCompilare RMarkdown con RStudio: perché leggere .RProfile?
codificato per ora, ho letteralmente dovuto spostare .RProfile dalla home directory durante la compilazione (maglieria), ma ci probabilmente dovrebbe essere una sorta di opzione, o qualcosa del genere?
Sarei grato per qualsiasi suggerimento :).
OS X 10.8.5, RStudio versione 0.98.1091
Non ho una buona risposta, ma un work-around potrebbe essere 'if (interactive()) {## fa le cose per la normale r session} else {fai altre cose per la sessione non interattiva, ie, knitr compiling} 'oh metti questo nel tuo .profile, dimentica quella parte – rawr
Grazie, @rawr, che funziona :). Ma ancora interessante, perché lo fa in primo luogo ... –
non so se un knitr doc è una nuova sessione o se crea solo un nuovo ambiente, ma in entrambi i casi r sta iniziando normalmente il che significa che leggerà il tuo profilo .rprofile e fai tutto ciò che è lì prima. Ho pensato che potresti essere in grado di passare '--vanilla' nell'opzione chunk' engine.opts', ma non sembra che sia così – rawr