Estratto di grep solo parola intera

Ho un grande file di testo. Ho bisogno di estrarre tutte le linee che contengono la parola esatta "DUSP1". Ecco un esempio delle linee:Estratto di grep solo parola intera

9606 ENSP00000239223 DUSP1 BLAST 
9606 ENSP00000239223 DUSP1-001 Ensembl

voglio recuperare la prima linea, ma non il secondo.

Ho provato diversi comandi come:

grep -E "^DUSP1" 
grep '\<DUSP1\>' 
grep '^DUSP1$' 
grep -w DUSP1

Ma nessuno di loro sembra funzionare. Quale opzione dovrei usare?

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2013-07-12 Titus Pullo

Come viene definita esattamente la "parola esatta"? E il tuo terzo esempio troverebbe solo linee con la parola "DUSP1" ... Quindi vuoi le linee con "^ DUSP1 [[: space:]] +"? –

Puoi fornire il contenuto del file di esempio. Il 2 °, 3 °, 4 ° comando funziona per me. – falsetru

Il problema che si presenta è che un trattino (-) è considerato da grep come delimitatore di parole.

Si dovrebbe provare questo comando:

grep '\sDUSP1\s' file

per garantire che ci sia spazio intorno alla vostra parola.

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2013-07-12 13:29:42

Vedere il mio post modificato –

Sì! Funziona alla grande! Grazie –

aggiunta a quanto detto sputpick, potrebbe essere che sia o:

grep '\sDUSP1$' file

se il DUSP1 è la fine della linea.

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2014-11-03 17:50:31 indradip

Se si vuole grep esattamente l'intera parola, è possibile utilizzare i confini di parola in questo modo:

grep '\bDUSP1\b'

Ciò corrisponde per la parola esatta, all'inizio e alla fine.

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2015-05-05 10:33:49

Questa dovrebbe essere la risposta accettata, non ci sono sempre spazi prima e dopo (che dire quando è l'ultima parola?). – user3671607

questo è fantastico. Corrisponde anche a 'setting = DUSP1' e' my/folder/a/DUSP1', ma non 'DUSP123' – vikingsteve

Ho dovuto usare doppi apici per la versione Windows di GNU grep. Le virgolette non funzionavano. –

risposta

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