Opzione 1:
Aggiungere questo script all'inizio (o da qualche altra parte) del documento RMarkdown:
<script>
$(document).ready(function() {
$head = $('#header');
$head.prepend('<img src=\"logo.jpg\" style=\"float: right;width: 150px;\"/>')
});
</script>
Questa sarà simile

Per lo script per funzionare, l'immagine deve essere nella stessa cartella del documento .Rmd. Si potrebbe anche dare il <img>
tag un certo id
e aggiungere più preciso stile CSS con
<style>
#myLogo {
float: right;
width: 120px;
...
</style>
Opzione 2:
Creare un file HTML in più (ad esempio extLogo.html) che contiene il logo come:
<div><img src="logo.jpg" width="200px" align="right"></div>
quindi modificare l'intestazione YAML simili:
---
title: "Test"
author: "Martin Schmelzer"
date: "13 Juli 2016"
output:
html_document:
includes:
in_header: extLogo.html
---
Questo appare come

e potrebbe aver bisogno di alcune altre possibilità margine/padding ...
fonte
2016-07-13 12:06:27
Se si sta facendo report in formato PDF, si deve solo modificare il modello predefinito TeX e salvarla come nuovo modello: https://github.com/rstudio/rmarkdown/blob/master/inst/rmd/latex/default.tex –
Ulteriori informazioni per una soluzione html. – Keith
Quindi i documenti di output saranno file HTML? –