Ho un grafico con 690.024 nodi e 7,398 042 bordi e voglio visualizzarlo. Ho usato il punto e il gephi di graphviz ma entrambi terminano a causa della poca memoria. C'è un modo per risolvere questo problema?Visualizza grafici grandi
Gephi ha un limite basato sulla quantità di memoria allocata in JVM. Controllare questo http://gephi.org/users/requirements/ per apportare modifiche.
Vorrei suggerire di utilizzare Stanford Network Analysis Platform (SNAP).
La libreria SNAP di base è scritta in C++ e ottimizzata per le massime prestazioni e rappresentazione grafica compatta.
Si adatta facilmente a reti massive con centinaia di milioni di nodi e miliardi di spigoli. Gestisce in modo efficiente grafici di grandi dimensioni, calcola proprietà strutturali, genera grafici regolari e casuali e supporta attributi su nodi e spigoli. Oltre alla scalabilità per i grafici di grandi dimensioni, un ulteriore punto di forza di SNAP è che i nodi, i bordi e gli attributi in un grafico o in una rete possono essere modificati dinamicamente durante il calcolo.
Prova Tulip. Ho scaricato l'origine e ricostruito, è facile quando hai installato Qt SDK.
modificare penso che il processore graphviz per grandi grafici dovrebbe essere sfdp, vedere il primo discussione (caricamento molto grande grafico non)
Il tulipano funziona bene per i grafici più piccoli, ma per il mio grafico si è bloccato dopo un giorno. – AliBZ
Si può prendere in considerazione Hive plots se avete bisogno di visualizzare le relazioni tra tutti i bordi per un grafico di queste dimensioni Se è necessario costruire un grafico in cui vengono visualizzati nodi e spigoli, si consiglia di provare igraph, che ha un'interfaccia Python e R. Ho costruito alcuni grafici molto grandi usando igraph through R, ma non riesco a ricordare i requisiti di memoria (questo probabilmente dipenderebbe comunque dai dati).
Abbiamo creato http://www.github.com/graphistry/pygraphistry per abilitare l'operazione dalla maggior parte di browser e notebook. L'idea è di utilizzare WebGL per il rendering dei grandi grafici (pan/zoom/ecc.) E scaricare la maggior parte del calcolo in tempo reale (layout, filtro, ecc.) In un cloud GPU. È simile a Gephi e Cytoscape, ma si concentra maggiormente sul ridimensionamento di grandi grafici e sull'ottimizzazione dell'analisi dei dati e sull'integrazione in app Web e ambienti notebook.
LGL usato per lavorare in tal caso per le visualizzazioni statiche - almeno qualche anno fa :)
http://lgl.sourceforge.net/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15184029?dopt=Abstract
ho usato che ad esempio, per una cifra: https://static-content.springer.com/image/art%3A10.1186%2F1471-2105-7-276/MediaObjects/12859_2006_Article_1015_Fig2_HTML.jpg
nella carta : http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-7-276 con dati con un numero paragonabile di nodi e spigoli.
Questo è davvero gentile da parte tua, giovanotto. Sii ancora così gentile e coraggioso e mandami una mail con il tuo vero nome. Mi piacerebbe parlare con il tuo supervisore di tesi. Pozdrowienia, Michał Okoniewski, dr hab, ETH di Zurigo. – MichalO
Quanta RAM hai a disposizione? in che formato sono i grafici? –
Ho 24 GB di RAM e attualmente il mio grafico è in formato punto, ma non posso cambiarlo in nulla. – AliBZ