R: Centratura tasto heatmap.2 (pacchetto gplots)

Question

Vorrei creare una heatmap tramite il comando heatmap.2() con un tasto colorato centrato su 0 (cioè colore bianco -> 0, rosso -> maggiore di 0, blu -> minore di 0) pur mantenendo la scala = "none" poiché sono interessato a tracciare una mappa termica dei valori effettivi. Tuttavia, tutte le mie mappe di calore non sono centrati sullo zero su utilizzando la seguente riga:

library(gplots) 
outputHeatmap <- heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, 
    Colv=FALSE, col= bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
    trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=FALSE, symkey=TRUE) 

ho pensato che con il comando SymKey = TRUE avrebbe funzionato, ma non è così. La variabile che sto provando a fare una heatmap di è una (n x 3) matrice di valori numerici. Segue un input problematico per il comando heatmap.2() sopra riportato:

8.408458 5.661144 0.00000000 
4.620846 4.932283 -0.46570468 
-4.638912 -3.471838 -0.12146109 
-4.822829 -3.946024 0.06403327 
3.948832 4.520447 -0.31945941 

Grazie per il vostro tempo. Non vedo l'ora di ricevere le tue risposte.

Answer 1

La soluzione sembra essere solo aggiungendo symbreaks al tuo heatmap.2. Ecco un esempio completamente riproducibili con i tuoi dati:

library(gplots) 
#read your example data 
heatmapInputActual <- read.table(textConnection(
"8.408458 5.661144 0.00000000 
4.620846 4.932283 -0.46570468 
-4.638912 -3.471838 -0.12146109 
-4.822829 -3.946024 0.06403327 
3.948832 4.520447 -0.31945941 
"),as.is=TRUE) 
#convert sample data to matrix 
heatmapInputActual <- as.matrix(heatmapInputActual) 
#just add symbreaks to the end of your code 
heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, Colv=FALSE, 
      col = bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
      trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=F,symkey=T,symbreaks=T)