Mi chiedo se sia possibile utilizzare lo markdown knitr
per creare semplicemente un report in tempo reale con oggetti derivanti dal mio spazio di lavoro corrente. La riproducibilità non è il problema qui. Leggo anche questo molto bello thread here.C'è un modo per knitr markdown direttamente dal tuo spazio di lavoro usando RStudio?
Ma ho ancora un messaggio di errore che si lamenta che non è stato possibile trovare l'oggetto particolare.
1) Supponiamo di aprire un nuovo documento di markdown e di salvarlo.
2) scrivere un blocco che fa riferimento ad alcuni oggetti lm
nell'area di lavoro. chiamare summary(mylmobject)
3) knitr it.
Sfortunatamente il rapporto viene generato ma l'output di regressione non può essere mostrato perché non è stato possibile trovare l'oggetto. Nota, funziona in generale se ho appena salvato l'oggetto su .Rdata e poi lo carico direttamente dal file markdown.
C'è un modo per utilizzare gli oggetti in R markdown che si trovano nello spazio di lavoro corrente? Sarebbe davvero bello mostrare un output ai non R mentre si sta ancora lavorando.
Mi sento come se l'opzione 1 fosse contraria al paradigma della ricerca riproducibile. –
@BrandonBertelsen hai ragione, ed è esattamente la ragione per cui RStudio apre una nuova sessione R ogni volta; in confronto, Emacs/ESS chiama Sweave/knitr nella sessione R corrente. Ci sono dei vantaggi nell'usare la sessione R esistente, tuttavia: 1. può essere più veloce; 2. ci aiuta a eseguire il debug del codice (ad esempio, controlla gli oggetti generati dal documento sorgente) –
Curioso di sapere se ci sono stati cambiamenti in Rstudio o Knitr da quando è stato pubblicato nel 2012? –