2012-08-02 2 views
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Io uso tryCatch molto per catturare potenziali messaggi di errore nel mio codice R, ma ho affrontato un problema strano oggi con ggplot - e davvero non ho idea di cosa sta succedendo (anche dopo un po 'di tempo trascorso su Ricerca Google/SO).tryCatch e ggplot

esempio semplice con un ggplot chiamata incompleta (senza ulteriore livello):

> tryCatch(eval(parse(text = 'ggplot(mtcars, aes(x=hp, y=wt))')), error = function(e) e) 
Error: No layers in plot 

Quindi l'errore non viene catturato. Ancor più: ricevo un oggetto R con ggplot classe:

> str(tryCatch(eval(parse(text = 'ggplot(mtcars, aes(x=hp, y=wt))')), error = function(e) e)) 
List of 8 
$ data  :'data.frame': 32 obs. of 11 variables: 
    ..$ mpg : num [1:32] 21 21 22.8 21.4 18.7 18.1 14.3 24.4 22.8 19.2 ... 
    ..$ cyl : num [1:32] 6 6 4 6 8 6 8 4 4 6 ... 
    ..$ disp: num [1:32] 160 160 108 258 360 ... 
    ..$ hp : num [1:32] 110 110 93 110 175 105 245 62 95 123 ... 
    ..$ drat: num [1:32] 3.9 3.9 3.85 3.08 3.15 2.76 3.21 3.69 3.92 3.92 ... 
    ..$ wt : num [1:32] 2.62 2.88 2.32 3.21 3.44 ... 
    ..$ qsec: num [1:32] 16.5 17 18.6 19.4 17 ... 
    ..$ vs : num [1:32] 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 ... 
    ..$ am : num [1:32] 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    ..$ gear: num [1:32] 4 4 4 3 3 3 3 4 4 4 ... 
    ..$ carb: num [1:32] 4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 ... 
$ layers  : list() 
$ scales  :Reference class 'Scales' [package "ggplot2"] with 1 fields 
    ..$ scales: NULL 
    ..and 20 methods, of which 9 are possibly relevant: 
    .. add, clone, find, get_scales, has_scale, initialize, input, n, 
    .. non_position_scales 
$ mapping :List of 2 
    ..$ x: symbol hp 
    ..$ y: symbol wt 
$ options :List of 1 
    ..$ labels:List of 2 
    .. ..$ x: chr "hp" 
    .. ..$ y: chr "wt" 
$ coordinates:List of 1 
    ..$ limits:List of 2 
    .. ..$ x: NULL 
    .. ..$ y: NULL 
    ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "cartesian" "coord" 
$ facet  :List of 1 
    ..$ shrink: logi TRUE 
    ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "null" "facet" 
$ plot_env :<environment: R_GlobalEnv> 
- attr(*, "class")= chr "ggplot" 

Tutte le idee per catturare questo tipo di errori?


Aggiornamento: sono consapevole del fatto che la chiamata di cui sopra potrebbe essere OK in alcune situazioni (come l'aggiunta di uno strato più tardi). Ma poi perche il seguente esempio (si prega di notare che abbiamo un errore di battitura lì: t è fornito su y asse invece di wt):

> tryCatch(eval(parse(text = 'ggplot(mtcars, aes(x=hp, y=t)) + geom_point()')), error = function(e) e) 
Error in data.frame(x = c(110, 110, 93, 110, 175, 105, 245, 62, 95, 123, : 
    arguments imply differing number of rows: 32, 0 

ottengo il messaggio di errore, ma che non è catturato da tryCatch.

risposta

8

Ciò si verifica perché l'errore non si verifica nella chiamata a ggplot, ma nella chiamata a print.ggplot.

Quindi il tuo tryCatch funziona, ma l'errore si verifica solo più tardi, quando si tenta di stampare. Questo significa che bisogna mettere il tryCatch attorno alla dichiarazione print:

Prova a modificare:

x <- tryCatch(eval(parse(text = 'ggplot(mtcars, aes(x=hp, y=wt))')), 
       error = function(e) e) 
tryCatch(print(x), error = function(e) e) 
<simpleError: No layers in plot> 

E per il vostro secondo esempio:

x <- eval(parse(text = 'ggplot(mtcars, aes(x=hp, y=t)) + geom_point()')) 
tryCatch(print(x), error = function(e) e) 

<simpleError in data.frame(x = c(110, 110, 93, 110, 175, 105, 245, 62, 95, 123, 123, 180, 180, 180, 205, 215, 230, 66, 52, 65, 97, 150, 150, 245, 175, 66, 91, 113, 264, 175, 335, 109), y = structure(function (x) standardGeneric("t"), generic = structure("t", package = "base"), package = "base", group = list(), valueClass = character(0), signature = "x", default = structure(function (x) UseMethod("t"), target = structure("ANY", class = structure("signature", package = "methods"), .Names = "x", package = "methods"), defined = structure("ANY", class = structure("signature", package = "methods"), .Names = "x", package = "methods"), generic = structure("t", package = "base"), class = structure("derivedDefaultMethod", package = "methods")), skeleton = structure(function (x) UseMethod("t"), target = structure("ANY", class = structure("signature", package = "methods"), .Names = "x", package = "methods"), defined = structure("ANY", class = structure("signature", package = "methods"), .Names = "x", package = "methods"), generic = structure("t", package = "base"), class = structure("derivedDefaultMethod", package = "methods"))(x), class = structure("standardGeneric", package = "methods")),  PANEL = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,  1L, 1L, 1L, 1L, 1L), check.names = FALSE, stringsAsFactors = TRUE): arguments imply differing number of rows: 32, 0> 
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impressionante, grazie mille! Come potrei perdere questo? :) Era abbastanza ovvio dopo aver dato un'occhiata alla prima riga, ma questa domanda mi ha dato qualche ora di mal di testa prima di quello. Quindi, in breve: grazie ancora :) – daroczig

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Felice di poterti aiutare! A volte uno può essere troppo vicino al codice ... – Andrie