come installare un pacchetto R da github manualmente o offline

Question

Provo a scaricare il pacchetto tsdyn da github (non è ancora stato aggiornato su cran) ma il mio proxy mi impedisce di connettermi a github.

library(devtools) 
install_github("MatthieuStigler/tsDyn", ref="Dev94", subdir="tsDyn") 

Downloading github repo MatthieuStigler/tsDyn@Dev94 
Erreur dans function (type, msg, asError = TRUE) : 
Failed to connect to api.github.com port 443: Connection refused 

Poi ho scaricato il file .zip e ha cercato di installare il pacchetto da zip e ottenuto questo errore:

Erreur dans read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package",  "Type")) : 
impossible d'ouvrir la connexion 
De plus : Message d'avis : 
In read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) : 
impossible d'ouvrir le fichier compressé 'tsDyn-master/DESCRIPTION', cause probable : 'No such file or directory' 

Non capisco da quando riesco a trovare il file di descrizione nel repository. Penso che stia cercando di connettersi ad internet che non è permesso dalla mia connessione professionale. Ho scoperto che alcune persone con Linux sono riuscite a scaricarlo da un'altra porta rispetto alla 443 (la porta 8000 deve essere consentita ma non sono sicuro) ma ho Windows 7. Ho le credenziali di amministratore e non funziona neanche quando prova ad usare R come amministratore. Non so davvero nulla sulla configurazione del proxy, quindi se hai qualche idea, cerca di essere il più specifico possibile sulle azioni che dovrei fare.

Grazie mille per anticipo!

Edit1: ho provato la vostra proposta, e rimuovere il livello non necessaria nel repository di file, ho fatto un

Rscript -e "install.packages ('C:/Users/stephanie/Downloads/tsDyn.zip',repos=NULL) " 

e ho ottenuto dal terminale "Installare il pacchetto in 'C:/Users/Stephanie/Documenti /R/win-library/3.1 '(come' lib 'non è specificato). Sembra funzionare ma quando uso la libreria di comandi (tsDyn) in RI ho ottenuto "Erreur dans library (tsDyn),' tsDyn 'n'est pas un nom corretto del pacchetto installé "(non è un nome corretto del pacchetto installato in inglese credo). Anche se i file esistono in win-library ma ho notato che i file MD5 e INDEX che sono sempre presenti nelle altre directory del pacchetto sono non presente qui. Un'idea?

Edit2: ho trovato una soluzione, come consigliato di rimuovere il livello di inutile, ho usato la funzione successiva installazione di devtools e ha funzionato (offline) ...

library(devtools) 
install("C:/Users/stephanie/Downloads/tsDyn") 

Io davvero non capisco la differenza con il comando terminale quindi, se qualcuno mi può dare indizio, ho risolto il mio pb ma sarei interessato a capire come!

Answer 1

O spostare tutto di un livello in modo da non si dispone di una cartella denominata intermediario tsDyn e può quindi:

install_github("MatthieuStigler/tsDyn") 

o lasciare le cose come sono e

install_github("MatthieuStigler/tsDyn/tsDyn") 

La prova è nel pudding

library(devtools) 
install_github("MatthieuStigler/tsDyn/tsDyn") 

    # Downloading github repo MatthieuStigler/tsDyn@master 
# Installing tsDyn 
# "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL \ 
# "C:/Users/dominic/AppData/Local/Temp/RtmpiwFHUz/devtools30d0779d2870/MatthieuStigler-tsDyn-8048816/tsDyn" \ 
# --library="D:/Copy/R/win-library/3.1" --install-tests 
# 
# * installing *source* package 'tsDyn' ... 
# ** libs 
# 
# *** arch - i386 
# gcc -m32 -I"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/include" -DNDEBUG  -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"  -O3 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c llar.c -o llar.o 
# gcc -m32 -I"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/include" -DNDEBUG  -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"  -O3 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c misc.c -o misc.o 
# gcc -m32 -I"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/include" -DNDEBUG  -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"  -O3 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c search.c -o search.o 
# gcc -m32 -shared -s -static-libgcc -o tsDyn.dll tmp.def llar.o misc.o search.o -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib/i386 -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib -LC:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/i386 -lR 
# installing to D:/Copy/R/win-library/3.1/tsDyn/libs/i386 
# 
# *** arch - x64 
# gcc -m64 -I"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/include" -DNDEBUG  -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"  -O2 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c llar.c -o llar.o 
# gcc -m64 -I"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/include" -DNDEBUG  -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"  -O2 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c misc.c -o misc.o 
# gcc -m64 -I"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/include" -DNDEBUG  -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"  -O2 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c search.c -o search.o 
# gcc -m64 -shared -s -static-libgcc -o tsDyn.dll tmp.def llar.o misc.o search.o -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib/x64 -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib -LC:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/x64 -lR 
# installing to D:/Copy/R/win-library/3.1/tsDyn/libs/x64 
# ** R 
# ** data 
# ** inst 
# ** tests 
# ** preparing package for lazy loading 
# ** help 
# *** installing help indices 
# ** building package indices 
# ** installing vignettes 
# ** testing if installed package can be loaded 
# *** arch - i386 
# *** arch - x64 
# * DONE (tsDyn) 

library(tsDyn) 
tsDyn::autopairs 

# function (x, lag = 1, h, type = c("levels", "persp", "image", 
#  "lines", "points", "regression")) 
# { 
#  panel <- list(levels = function() sm::sm.density(X, h = rep(h, 
#   2), xlab = xlab, ylab = ylab, main = "density", display = "slice"), 
#   persp = function() sm::sm.density(X, h = rep(h, 2), xlab = xlab, 
#    ylab = ylab, main = "density", display = "persp"), 
#   image = function() sm::sm.density(X, h = rep(h, 2), xlab = xlab, 
#    ylab = ylab, main = "density", display = "image"), 
#   lines = function() plot(X, xlab = xlab, ylab = ylab, 
#    main = "lines", type = "l"), points = function() plot(X, 
#    xlab = xlab, ylab = ylab, main = "scatter"), regression = function() sm::sm.regression(X[, 
#    1], X[, 2], h = h, xlab = xlab, ylab = ylab, main = "regression", 
#    ask = FALSE)) 
#  lags <- c(-lag, 0) 
#  X <- embedd(x, lags = lags) 
#  xlab <- paste("lag", lag) 
#  ylab <- paste("lag", 0) 
#  type <- match.arg(type) 
#  if (missing(h)) { 
#   h <- sm::hnorm(X)[1] 
#  } 
#  panel[[type]]() 
# } 
# <environment: namespace:tsDyn> 

Answer 2

È possibile evitare questo impostando il proxy quando si lavora dietro il firewall. Le istruzioni per impostare il proxy da Rstudio sono in questo Link.

1. Verificare con il proprio amministratore IT quale proxy si dovrebbe utilizzare per accedere a qualsiasi cosa HTTP/HTTPS mentre si è nella rete interna?Nella maggior parte dei casi, sarebbe HTTP - http://proxy.companydomain:8080 HTTPS - https://proxy.companydomain:8080
2. Individuare il file Renviron.site. Uno dei miei Windows 10, l'ho localizzato in C:\Users\yourid\Documents\R\R-3.4.3\etc. In Linux varia.

3. Aprire il Renviron.site utilizzando un editor di testo e incollare il proxy. salvare il file e riavviare R

   options(Internet.info = 0) 
   http_proxy=http://proxy.companydomain:8080/ 
   https_proxy=https://proxy.companydomain:8080/ 
   

4. Nel mio caso, ho avuto un altro errore dopo aver impostato il proxy, che è unsupported proxy ....libcurl is built without the HTTPS-proxy support.. Quindi, ho cambiato la seconda riga in http:// anziché https://. Questo ha funzionato senza errori.

   https_proxy=http://proxy.companydomain:8080/ 
   

   Spero che questo aiuti. È un po 'facile impostare il proxy e lasciare che le cose vadano automaticamente.