Come si usa plyr per numerare le righe?

Question

Fondamentalmente voglio una colonna id autoincremented in base alle mie coorti -. In questo caso (kmer, cvCut)

> myDataFrame 
     size kmer cvCut cumsum 
1  8132 23 10  8132 
10000 778 23 10 13789274 
30000 324 23 10 23658740 
50000 182 23 10 28534840 
100000 65 23 10 33943283 
200000 25 23 10 37954383 
250000 584 23 12 16546507 
300000 110 23 12 29435303 
400000 28 23 12 34697860 
600000 127 23  2 47124443 
600001 127 23  2 47124570 

Voglio una colonna aggiunta che ha nuovi nomi di riga in base al gruppo kmer/cvCut

> myDataFrame 
     size kmer cvCut cumsum newID 
1  8132 23 10  8132  1 
10000 778 23 10 13789274  2 
30000 324 23 10 23658740  3 
50000 182 23 10 28534840  4 
100000 65 23 10 33943283  5 
200000 25 23 10 37954383  6 
250000 584 23 12 16546507  1 
300000 110 23 12 29435303  2 
400000 28 23 12 34697860  3 
600000 127 23  2 47124443  1 
600001 127 23  2 47124570  2 

Answer 1

farei così:

library(plyr) 
ddply(df, c("kmer", "cvCut"), transform, newID = seq_along(kmer)) 

Answer 2

Basta aggiungere una nuova colonna ogni volta plyr vi chiama:

R> DF <- data.frame(kmer=sample(1:3, 50, replace=TRUE), \ 
        cvCut=sample(LETTERS[1:3], 50, replace=TRUE)) 
R> library(plyr) 
R> ddply(DF, .(kmer, cvCut), function(X) data.frame(X, newId=1:nrow(X))) 
    kmer cvCut newId 
1  1  A  1 
2  1  A  2 
3  1  A  3 
4  1  A  4 
5  1  A  5 
6  1  A  6 
7  1  A  7 
8  1  A  8 
9  1  A  9 
10 1  A 10 
11 1  A 11 
12 1  B  1 
13 1  B  2 
14 1  B  3 
15 1  B  4 
16 1  B  5 
17 1  B  6 
18 1  C  1 
19 1  C  2 
20 1  C  3 
21 2  A  1 
22 2  A  2 
23 2  A  3 
24 2  A  4 
25 2  A  5 
26 2  B  1 
27 2  B  2 
28 2  B  3 
29 2  B  4 
30 2  B  5 
31 2  B  6 
32 2  B  7 
33 2  C  1 
34 2  C  2 
35 2  C  3 
36 2  C  4 
37 3  A  1 
38 3  A  2 
39 3  A  3 
40 3  A  4 
41 3  B  1 
42 3  B  2 
43 3  B  3 
44 3  B  4 
45 3  C  1 
46 3  C  2 
47 3  C  3 
48 3  C  4 
49 3  C  5 
50 3  C  6 
R> 

Answer 3

Penso che questo è ciò che si vuole:

Carica dati:

x <- read.table(textConnection(
"id  size kmer cvCut cumsum 
1  8132 23 10  8132 
10000 778 23 10 13789274 
30000 324 23 10 23658740 
50000 182 23 10 28534840 
100000 65 23 10 33943283 
200000 25 23 10 37954383 
250000 584 23 12 16546507 
300000 110 23 12 29435303 
400000 28 23 12 34697860 
600000 127 23  2 47124443 
600001 127 23  2 47124570"), header=TRUE) 

Uso ddply:

library(plyr) 
ddply(x, .(kmer, cvCut), function(x) cbind(x, 1:nrow(x)))