Ho un circuito molto semplice in MATLAB. 
Matlab per lo spazio di lavoro e valore rms diverso
C'è una sorgente di tensione di 100 V picco. Entrambe le resistenze se di 100 ohm. Se vedo la tensione display casella, mostra 36.476 V
Ma nella matrice TESTV mostra 25.1761 V
Perché è diverso?
Questa è la finestra delle proprietà TESTV 
Prendere la decimazione come 1
Vedi questo link Matlab help link
For example, suppose you have a simulation where the start time is 0, the Limit data points to last is 100, the Decimation is 1, and the Sample time is 0.5. The To Workspace block collects a maximum of 100 points, at time values of 0, 0.5, 1.0, 1.5, ..., seconds. Specifying a Decimation value of 1 directs the block to write data at each step.
Ho preso il decimazione come 1 ed ho ottenuto stessi valori nel lavoro e nella matrice
Il Display box probabilmente mostrare il valore di un passo temporale diverso. Vorrei provare a cambiare il configuration parameters e i valori di tempo passo e il simulation time.
Nel blocco "Spazio di lavoro" si ha una Decimazione di 5. Ciò significa che non si registrano i dati ogni volta. Stai registrando i dati solo una volta ogni 5 passaggi temporali. Come m_power ha notato, potresti non confrontare i valori con lo stesso passo temporale.