R: Quale heatmap/immagine per ottenere una trama ordinata a riga senza alcun dendrogramma?

Question

Quale pacchetto è migliore per una heatmap/immagine con l'ordinamento solo sulle righe, ma non mostrare alcun dendrogramma o altro ammasso visivo (solo una griglia colorata 2D con etichette con nome automatico su entrambi gli assi). Non ho bisogno di un cluster di fantasia oltre l'ordinamento numerico di base. I dati sono una tabella di numeri 39x10 nell'intervallo (0,0.21) che voglio visualizzare.

Ho cercato SO (vedi this) e i siti R, e ho provato alcuni fuori. Controlla R Graphical Manual per vedere un elenco ricercabile eccellente di schermate e pacchetti corrispondenti.

L'intervallo di pacchetti è confuso - quale è la heatmap preferita (come ggplot2 è per la maggior parte altri tracciamenti)? Ecco quello che ho scoperto finora:

• base::image - male, senza etichette nome su assi, nessun ordinamento/raggruppamento
• base::heatmap - le opzioni sono molto meno comprensibili di quanto segue:
• pheatmap::pheatmap - fantastico, ma non riesco a spegnere i dendrogrammi ? (qualsiasi hack?)
• ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
• gplots::heatmap.2, ref - sembra ad essere favorito da persone biotech, ma modo eccessivo per i miei scopi. (Nessuna relazione con ggplot * o Prof Wickham)
• plotrix::color2D.matplot esiste anche

base::heatmap è fastidioso, anche con args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) si trame ancora il dendrogramma indesiderato sulle righe.

per ora sto andando con pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) e manualmente presorting mio tavolo, come questo ragazzo: Order of rows in heatmap?

Addendum: per visualizzare il valore all'interno di ogni cellula, vedi: display a matrix, including the values, as a heatmap. Non ne avevo bisogno, ma è bello avere.

Answer 1

Con pheatmap è possibile utilizzare le opzioni treeheight_row e treeheight_col e impostarli su 0.

Answer 2

solo un'altra opzione che non hai citato ... pacchetto bipartite in quanto è così semplice come si dice

library(bipartite) 
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3) 
rownames(mat)<-c("a","b","c") 
colnames(mat)<-c("a","b","c") 
visweb(mat,type="nested")