Errore in .External.graphics R

Question

Stavo usando la funzione qui per creare un heatmap da una matrice di 48 colonne x 32 righe:

heatmap.2(all.data,Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace="none",main="All data",col=colorRampPalette(c("green","yellow","red"))) 

Mi stava dando alcuni avvisi a causa della rimozione dei dendograms , ma ancora mi ha dato la mappa termica volevo più il tasto di colore, qualcosa accadesse e ora quando provo a fare funzionare lo stesso che mi dà la trama senza la chiave di colore e un errore:

Error in plot.new() : figure margins too large 
In addition: Warning messages: 
1: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none", : 
    Discrepancy: Rowv is FALSE, while dendrogram is `both'. Omitting row dendogram. 
2: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none", : 
    Discrepancy: Colv is FALSE, while dendrogram is `none'. Omitting column dendogram. 

se cambio il margini a 1 per tutti i lati:

par(mar=c(1,1,1,1)) 
heatmap.2(all.data,Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace="none",main="All data",col=colorRampPalette(c("green","yellow","red"))) 

e riprovare non fa la mappa termica e mi dà questo errore:

Error in .External.graphics(C_layout, num.rows, num.cols, mat, as.integer(num.figures), : 
    invalid graphics state 
In addition: Warning messages: 
1: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none", : 
    Discrepancy: Rowv is FALSE, while dendrogram is `both'. Omitting row dendogram. 
2: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none", : 
    Discrepancy: Colv is FALSE, while dendrogram is `none'. Omitting column dendogram. 

Ho anche provato ad aggiungere al tasto funzione = T, ma la chiave colore non è ancora visualizzato nella Heatmap , qualsiasi aiuto sarà molto apprezzato !!!

Answer 1

capito, è stato solo un errore con il display, se salvare automaticamente la trama invece di chiedere RStudio per mostrare a me è, il grafico è ok

Answer 2

ho trovato anche questo problema in RStudio. Può essere risolto aumentando la dimensione verticale della finestra del grafico in RStudio (altrimenti parte del grafico non si adatta alla finestra e si è verificato un errore).

Answer 3

Se la tua trama ha funzionato in passato e sta lanciando l'errore invalid graphics state, prova a reimpostare il dispositivo grafico chiamando dev.off(). Questo è stato suggerito dal sito di aiuto di RStudio.

Answer 4

L'ho fatto ingrandendo la finestra, prima che fosse impilata.