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Ho un caso in cui foreach utilizza doMC come un backend produce comportamenti diversi su macchine diverse.R per non utilizzare più core
Su un server Linux con Ubuntu 12.04.4 LTS il seguente codice (adattato da foreach vingette) esegue 5 processi contemporaneamente su un singolo core, che non è il comportamento desiderato.
library(foreach)
library(doMC)
registerDoMC(cores=5)
getDoParWorkers()
x <- iris[which(iris[,5] != "setosa"), c(1,5)]
trials <- 10000
r <- foreach(icount(trials), .combine=cbind) %dopar% {
ind <- sample(100, 100, replace=TRUE)
result1 <- glm(x[ind,2]~x[ind,1], family=binomial(logit))
coefficients(result1)
}
informazioni Sessione:
> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C LC_COLLATE=C LC_MONETARY=C
[6] LC_MESSAGES=C LC_PAPER=C LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=C LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] doMC_1.3.3 iterators_1.0.7 foreach_1.4.2
loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_3.1.0 tools_3.1.0
La stessa corsa codice su un Mac con OSX 10.7.5 produce il comportamento desiderato e atteso di correre 5 posti di lavoro su 5 diversi nuclei.
informazioni Sessione:
> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
locale:
[1] C
attached base packages:
[1] parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] doMC_1.3.2 iterators_1.0.6 foreach_1.4.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_3.0.1 tools_3.0.1
Ho anche osservato lo stesso comportamento con altri backend paralleli. Entrambe le macchine hanno 20+ core. Qualche idea su cosa sta succedendo?