PygraphViz Import Error con PyCharm

Question

Credo di aver installato pygraphviz sul mio build Debian. Posso importare se corro Python dalla riga di comando:

jon@debian:~/anaconda3/bin$ ipython 
Python 3.5.1 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Dec 7 2015, 11:17:45) 
Type "copyright", "credits" or "license" for more information. 

IPython 4.1.2 -- An enhanced Interactive Python. 
?   -> Introduction and overview of IPython's features. 
%quickref -> Quick reference. 
help  -> Python's own help system. 
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details. 

In [1]: import pygraphviz 

In [2]: 

Tuttavia, se provo lo stesso da una console Python dall'interno PyCharm, ottengo questo errore:

/home/jon/anaconda3/bin/python /home/jon/apps/pycharm-community-5.0.4/helpers/pydev/pydevconsole.py 59089 41751 
Python 3.5.1 |Anaconda 2.5.0 (32-bit)| (default, Dec 7 2015, 11:17:45) 
Type "copyright", "credits" or "license" for more information. 

IPython 4.0.3 -- An enhanced Interactive Python. 
?   -> Introduction and overview of IPython's features. 
%quickref -> Quick reference. 
help  -> Python's own help system. 
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details. 
PyDev console: using IPython 4.0.3 

import sys; print('Python %s on %s' % (sys.version, sys.platform)) 
sys.path.extend(['/home/jon/PycharmProjects/StateMachine']) 

Python 3.5.1 |Anaconda 2.5.0 (32-bit)| (default, Dec 7 2015, 11:17:45) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux 
In[2]: import pygraphviz 
Traceback (most recent call last): 
    File "/home/jon/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3066, in run_code 
    exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns) 
    File "<ipython-input-2-99ed911275c0>", line 1, in <module> 
    import pygraphviz 
    File "/home/jon/apps/pycharm-community-5.0.4/helpers/pydev/pydev_import_hook.py", line 21, in do_import 
    module = self._system_import(name, *args, **kwargs) 
ImportError: No module named 'pygraphviz' 

mi accorgo che nel primo esempio, la versione di Python è

Python 3.5.1 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Dec 7 2015, 11:17:45) 

mentre nel secondo esempio, la versione è:

Python 3.5.1 |Anaconda 2.5.0 (32-bit)| (default, Dec 7 2015, 11:17:45) 

Così il secondo esempio, che non riesce, sembra essere a 32 bit (come nota a margine, perché sarebbe stata installata una versione a 32 bit?)

mia cartella/anaconda3/ENV è vuoto.

Per quanto ne so, ho solo un ambiente Python installato in Conda.

Quindi la mia domanda è ... Perché l'importazione non riesce da PyCharm e perché sembra che sia in esecuzione una versione a 32 bit di Python quando ho solo una versione installata?

Answer 1

This guide dovrebbe aiutarti a configurare tutto compreso i percorsi personalizzati per le tue librerie.

L'interprete è ok, sta già puntando alla distribuzione di Anaconda. Ma nelle impostazioni "Progetto predefinito" è disponibile un'opzione per la console: "Build, Execution, Deployment" -> "Console" -> "Python Console". Guarda cosa riesci a giocherellare lì. Se non riesci a farlo funzionare, puoi postare la tua configurazione.

Inoltre, si dovrebbe lavorare con ambienti virtuali. Vedi this article per maggiori informazioni.

Answer 2

Nel caso in cui qualcun altro si imbatta in un problema simile come quello che ho fatto ... Ho dovuto installare pygraphviz dalla directory bin dell'ambiente virtuale, specificando il file pip3 che volevo usare. Nulla di ciò che ho provato potrebbe farlo funzionare attraverso la finestra dell'interprete del progetto PyCharm. Ma questo ha funzionato da un terminale (MacOS), avendo installato graphviz con homebrew.

./pip3 install --install-option="--include- 
     path=/usr/local/include/graphviz/" \ 
     --install-option="--library-path=/usr/local/lib/graphviz" \ 
     pygraphviz