Caricamento di un'immagine nel documento knitr tramite Shiny

Question

Sto utilizzando la combinazione di Shiny e knitr per creare documenti PDF.

Attualmente desidero aggiungere funzionalità che consentiranno all'utente di caricare immagini che verranno inserite all'interno del documento creato. Tuttavia, sono davvero bloccato perché non riesco a ottenere il percorso dell'immagine in ingresso. Qualcuno potrebbe aiutarmi con quello?

semplice esempio:

Applicazione:

library(knitr) 
library(shiny) 

ui <- fluidPage(

    sidebarLayout(
    sidebarPanel(
     fileInput("picture", label = 'Picture'), 
     downloadButton('report', label = 'Download PDF') 
    ), 

    mainPanel() 
) 
) 

server <- function(input,output){ 

    picture <- reactive({ 
    input$picture[,4] 
    }) 

    output$report = downloadHandler(
    filename = "test.pdf", 

    content = function(file){ 
     picture = picture() 

    out = knit2pdf(input = 'test.Rnw', compiler = 'xelatex', clean = TRUE) 
    file.rename(out, file) 
    }, 

    contentType = 'application/pdf' 
) 
} 

shinyApp(ui = ui, server = server) 

e il documento .Rnw:

\documentclass{article} 

\begin{document} 

Put picture here: 
<<echo = FALSE , message = F, results='asis'>>= 
cat(paste('\\includegraphics[height=3in]{', picture,'}')) 
@ 

\end{document} 

Parte '\includegraphics[height=3in]{', picture,'} è ovviamente la causa del problema, perché non si conosce il percorso dell'immagine solo temporanea uno.

Answer 1

hai detto che stavi lavorando con Server Brillante, allora si dovrebbe essere a posto con il percorso completo del immagine, anche se è in una directory temporanea (perché attualmente Shiny Server funziona solo su Linux, e LaTeX dovrebbe andare bene con percorsi di file Linux come /tmp/...../yourfile.png). Il problema è forse il datapath (ad esempio input$picture[, 4]) non ha l'estensione del file, quindi LaTeX non è in grado di riconoscerlo. Puoi provare a recuperare l'estensione del file originale del file e copiare l'immagine caricata in un file temporaneo con la stessa estensione, ad es.

picture <- reactive({ 
    path1 <- input$picture$datapath 
    path2 <- tempfile(fileext = gsub('^(.*)([.].+)$', '\\2', input$picture$name)) 
    file.copy(path1, path2, overwrite = TRUE) 
    path2 
}) 

Answer 2

vedo una soluzione in due modi:

1) copiare il file temporaneo in una cartella a vostra scelta e l'uso che immagine:

observe({ 
     if (is.null(input$picture)) return() 
     picture<-"your/final/path/to/disk/uploadImage.jpg" # OR do a PASTE with the PATH and the upload file name 
     file.copy(input$picture$datapath, picture) 
     if(file.exists(picture)){ 
      # PROCESS THE IMAGE IF NEEDED 
     } 
     picture<<-picture # sometimes needed to R to see the variable outside the observe scope 
}) 

2) se voi (in questo caso la R sessione) non è consentito scrivere su disco è possibile trasformare l'immagine in una variabile base64 e includerla nel documento Knitr (o salvarla in un database come stringa). Questo prende la rotta Knitr/HTML se sei disposto a fare quella deviazione. (Lo studio R in esecuzione da un server ha quasi sempre un sacco di restrizioni nella lettura/scrittura che puoi gestire solo come AMMIN. E il server esegue la sessione lucida come RStudio e non così Rstudio deve avere i permessi di lettura/scrittura necessari se si esegue l'applicazione lucida come una sessione automatica Rstudio lucido e non eseguirlo direttamente da RStudio utilizzando RUN)

assicurarsi che il base64 è leggibile da R ouside il 'osservare' o 'se' portata nuovamente utilizzando '< < - 'insieme a' < - '. Scoping è piuttosto qualcosa di speciale con R quindi assicurati di testarlo correttamente.

Si dovrebbe tuffarsi in questa (base64) con siti come:

https://github.com/yihui/knitr/issues/944

https://github.com/yihui/knitr/blob/master/R/utils-base64.R