estivo matrice NumPy a csv produce TypeError Mismatch

Question

Ho una matrice NumPy con dati numerici della forma:

example = numpy.array([[[i for i in range(0, 5)],[0 for j in range(0, 5)]] for k in range(0, 10)]) 

Quindi è array di 10 gruppi, dove ogni gruppo composto da 2 liste di uguale lunghezza e contiene un'unica numeri. L'esecuzione del seguente codice di salvataggio mi dà il seguente errore:

numpy.savetxt('exampleData.csv', test, delimiter=',') 
TypeError: Mismatch between array dtype ('int32') and format specifier ('%.18e %.18e') 

Sto indovinando questo potrebbe essere risolto con qualcosa nel fmt = argomento 'xyz', ma la documentazione non è particolarmente chiaro. Qualsiasi aiuto sarebbe apprezzato.

(Nel mio dati reali, le liste iej sono liste di lunghi carri, eg'0.0047322940571' etc.)

Answer 1

tuo example è una matrice 3d

In [82]: example=np.array([[[i for i in range(0, 5)],[0 for j in range(0, 5)]] for k in range(0, 3)]) # chg 10 to 3 for display 

In [83]: example.shape 
Out[83]: (3L, 2L, 5L) 

In [84]: example 
Out[84]: 
array([[[0, 1, 2, 3, 4], 
     [0, 0, 0, 0, 0]], 

     [[0, 1, 2, 3, 4], 
     [0, 0, 0, 0, 0]], 

     [[0, 1, 2, 3, 4], 
     [0, 0, 0, 0, 0]]]) 

cercando di salvare l'intero risultati cosa in caso di errore (messaggio diverso a causa della diversa versione):

In [87]: np.savetxt('test.csv',example, delimiter=',') 
.... 
TypeError: float argument required, not numpy.ndarray 

ma sav ing una 'riga' è ok

In [88]: np.savetxt('test.csv',example[1,...], delimiter=',') 

Salva con formato intero fa un'uscita più bella

In [94]: np.savetxt('test.csv',example[1,...], delimiter=',',fmt='%d') 

In [95]: with open('test.csv') as f:print f.read() 
0,1,2,3,4 
0,0,0,0,0 

Così come si desidera che la matrice 3d da salvare? Tieni presente come lo userai/leggerlo. Più file? Più blocchi all'interno di un file?

https://stackoverflow.com/a/3685339/901925 è una risposta SO di 6 anni su come salvare un array 3d. La semplice risposta è aprire un file ed eseguire più savetxt per le sezioni dell'array. Questo salva i dati in blocchi. Ma il caricamento di questi blocchi è un'altra domanda SO (che è emersa prima).

In [100]: with open('test.csv','w') as f: 
    ...:  for row in example: 
    ...:   np.savetxt(f,row,delimiter=',',fmt='%d',footer='====') 
    ...:   

In [101]: with open('test.csv') as f:print f.read() 
0,1,2,3,4 
0,0,0,0,0 
# ==== 
0,1,2,3,4 
0,0,0,0,0 
# ==== 
0,1,2,3,4 
0,0,0,0,0 
# ==== 

In risposta al tuo commento, questo funziona

example=np.ones((4,2,100)) 
np.savetxt('test.csv',example[1,...], delimiter=',',fmt='%.18e') 

Un altro modo per salvare una matrice 3D è quello di rimodellare a 2D. A rimodellare di nuovo a 3d dopo il caricamento, possibilmente utilizzando le informazioni che si è memorizzato in una riga di commento

np.savetxt('test.csv',example.reshape(-1,example.shape[-1]), delimiter=',',fmt='%.18e') 

Answer 2

import numpy 

example = numpy.array([[[i for i in range(0, 5)],[0 for j in range(0, 5)]] for k in range(0, 10)]) 
f = open('exampleData.csv', 'ab') 
for i in example: 
    numpy.savetxt(f, i, fmt='%i')