R non utilizza più di 4 GB di memoria

Question

Sto eseguendo 64 bit R su Ubuntu 12.10 AMD64. Di recente ho aggiunto altri 8 GB di memoria al mio sistema, per un totale di 12 GB. Ma noto che R mi dà un errore ogni volta che l'utilizzo della memoria (di una singola sessione R) supera i 4 GB. Quando ho eseguito 6 sessioni R in parallelo, ciascuna consumando circa 3 GB di memoria, il mio utilizzo di memoria è aumentato fino a 11 GB. Ma una singola sessione R non è in grado di utilizzare più di 4 GB! Ho bisogno di addestrare un modello di foresta casuale su un grande set di dati e ho bisogno di> 4 GB con una singola sessione R.

Aggiornamento:

R> sessionInfo() 

R version 2.15.1 (2012-06-22) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods 
[7] base  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_2.15.1 

Aggiornamento 2:

$ ulimit -a 
core file size   (blocks, -c) 0 
data seg size   (kbytes, -d) unlimited 
scheduling priority    (-e) 0 
file size    (blocks, -f) unlimited 
pending signals     (-i) 92787 
max locked memory  (kbytes, -l) 64 
max memory size   (kbytes, -m) unlimited 
open files      (-n) 1024 
pipe size   (512 bytes, -p) 8 
POSIX message queues  (bytes, -q) 819200 
real-time priority    (-r) 0 
stack size    (kbytes, -s) 8192 
cpu time    (seconds, -t) unlimited 
max user processes    (-u) 92787 
virtual memory   (kbytes, -v) unlimited 
file locks      (-x) unlimited 

Answer 1

In un sistema operativo di Windows, per impostazione predefinita, R installa entrambe le versioni 32 e 64 bit. Sebbene, sembra che Linux no. Se si utilizza un IDE come RStudio, se installato, punta alla versione a 32 bit. Puoi cambiarlo nelle impostazioni di Rstudio.

Answer 2

Ho il sospetto che i limiti del processo siano in vigore, limitando qualsiasi processo specificato a 4G.

Prova ulimit -a e cerca eventuali valori non illimitati relativi alla memoria.

Inoltre, esaminare il file /etc/security/limits.conf e tutti i file in /etc/security/limits.d/ per le voci sui limiti di memoria.

In particolare, questi due:

data 
as 

Vedi man limits.conf per le quote che possono essere eseguite da PAM.