R: Estrai casi completi/osservazioni incluse dal modello lineare o variabili formula

Question

Dopo aver eseguito m1 <- lm(f1, data=DT) Voglio salvare le osservazioni che sono incluse (come "obs < - complete.cases (m1)", ma qualcosa che funziona) così che posso eseguire una seconda regressione sulle stesse osservazioni: m2 <- lm(f2, data=DT[obs]).

In alternativa, vorrei ottenere le osservazioni complete per un determinato insieme di variabili definito da un oggetto formula. Considera questo pseudocodice simile a R:

f1 <- as.formula("y ~ x1 + x2 + x3") 
f2 <- as.formula("y ~ x1 + x2") 
obs <- complete.cases(DT[,list(all.vars(f1)]) 
m2 <- lm(f2, data=DT[obs]) 

Come faccio? Nel primo caso, lm esegue già il lavoro implicitamente; come posso estrarlo? Nel secondo, all.vars restituisce un vettore di caratteri; come posso creare correttamente un elenco non quotato che DT (data.table) comprenderà?

Answer 1

Da data.table v1.9.5, na.omit ha un argomento cols.

na.omit(DT, cols = all.vars(f)) 

Answer 2

Supponendo che il na.action della tua chiamata lm() sia il na.omit predefinito, perché non chiamare semplicemente na.omit sui dati originali?

# create some missing values 
mtcars$disp <- ifelse(runif(nrow(mtcars)) > 0.8, NA, mtcars$disp) 

# fit model 
m1 <- lm(mpg ~ disp, data = mtcars) 

na.omit(mtcars[ , c("mpg", "disp")]) 

Controllare il file di aiuto per na.omit per alternative.