R reticolo xyplot non corrisponde griglia per zecche assi (non multiplo)

Question

Sto cercando di produrre una trama con xyplot del reticolo dal seguente codice:

set.seed(123) #### make it reproducible 
df<-data.frame(x=runif(100,1,1e7),y=runif(100,0.01,.08),t=as.factor(sample(1:3,100,replace=T))) 
png("xyplot_grid_misaligned.png",800,800) 
p<-xyplot(y ~ x,groups=t,data=df,scales=list(x=list(log=10,equispaced.log=F)),auto.key=T,ylim=c(-.01,.1),grid=T) 
print(p) 
dev.off() 

Produce, come previsto, una bella trama:

Mi piacerebbe che la griglia sul grafico fosse allineata con i segni di graduazione generati da equispaced.log=F. La documentazione di xyplot discute solo di grid in relazione a più trame, come alcuni altri thread in SO e altri siti (infatti, ho ottenuto lo grid=T argomento da un altro sito: Using Lattice graphics in R, e anche lì si può vedere che quando si usa equispaced.log=F, la griglia "disallinea" con le zecche).

Nel caso in cui qualcuno pensi che questo sia un duplicato di SO: aligning-grid-lines-to-axis-ticks-in-lattice-graphics, ti preghiamo di notare che la domanda in là era come allineare le griglie in un multiplot (e, al momento, il thread non ha ancora una risposta).

Come è possibile che xyplot "allinei" le linee della griglia alle x tick mentre si utilizza equispaced.log=F? Grazie!

Answer 1

sembra che è necessario utilizzare una funzione di pannello personalizzato per fare questo, e di utilizzare invece di panel.ablinepanel.grid. Il meglio che potrei fare è impostare i punti di spunta in modo semi-manuale.

library(lattice) 
set.seed(123) #### make it reproducible 

df<-data.frame(x=runif(100,1,1e7),y=runif(100,0.01,.08),t=as.factor(sample(1:3,100,replace=T))) 

# do this one by hand, since you had "equispaced.log=F" 
x.at = c(5e3, 10e3, 5e4, 10e4, 5e5, 10e5, 5e6, 10e6) 
# but this one is done with `pretty` as usual 
y.at = pretty(df$y,4) 

png("xyplot_grid_aligned.png",600,600) 
p <- xyplot(y ~ x,groups=t,data=df, 
      scales=list(x=list(at=x.at,log=10), 
         y=list(at=y.at)), 
      auto.key=T, 
      ylim=c(-.01,.1), 
      panel = function(...) { 
       panel.abline(v=log10(x.at),h=y.at,col="lightgrey") 
       panel.xyplot(...) 
      } 
      ) 
print(p) 
dev.off() 

Answer 2

Ecco una soluzione ggplot, se è utile.

ggplot(df, aes(x=x, y=y, color=t)) + 
    geom_point(shape=21) + 
    scale_x_log10(breaks=c(5e3, 1e4, 5e4,1e5,5e5,1e6,5e6,1e7)) + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.grid.minor=element_blank())