Plot matrice ponderata in frequenza

Question

Questa domanda è legata a due domande differenti ho chiesto in precedenza:

1) Reproduce frequency matrix plot

2) Add 95% confidence limits to cumulative plot

desidero riprodurre questo trama in R:

Sono arrivato fino a questo punto, utilizzando il codice sotto l'immagine:

#Set the number of bets and number of trials and % lines 
numbet <- 36 
numtri <- 1000 
#Fill a matrix where the rows are the cumulative bets and the columns are the trials 
xcum <- matrix(NA, nrow=numbet, ncol=numtri) 
for (i in 1:numtri) { 
x <- sample(c(0,1), numbet, prob=c(5/6,1/6), replace = TRUE) 
xcum[,i] <- cumsum(x)/(1:numbet) 
} 
#Plot the trials as transparent lines so you can see the build up 
matplot(xcum, type="l", xlab="Number of Trials", ylab="Relative Frequency", main="", col=rgb(0.01, 0.01, 0.01, 0.02), las=1) 

La mia domanda è: Come posso riprodurre il grafico superiore in un passaggio, senza tracciare più campioni?

Grazie.

Answer 1

È possibile produrre questa trama ...

... utilizzando questo codice:

boring <- function(x, occ) occ/x 

boring_seq <- function(occ, length.out){ 
    x <- seq(occ, length.out=length.out) 
    data.frame(x = x, y = boring(x, occ)) 
} 

numbet <- 31 
odds <- 6 
plot(1, 0, type="n", 
    xlim=c(1, numbet + odds), ylim=c(0, 1), 
    yaxp=c(0,1,2), 
    main="Frequency matrix", 
    xlab="Successive occasions", 
    ylab="Relative frequency" 
    ) 

axis(2, at=c(0, 0.5, 1))  

for(i in 1:odds){ 
    xy <- boring_seq(i, numbet+1) 
    lines(xy$x, xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

for(i in 1:numbet){ 
    xy <- boring_seq(i, odds+1) 
    lines(xy$x, 1-xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

Answer 2

È inoltre possibile utilizzare il metodo di Koshke, limitando le combinazioni di valori da quelli con s < 6 e alla richiesta di Andrie hanno aggiunto la condizione sulla differenza tra Ps $ n e ps $ s per ottenere una configurazione "appuntita".

ps <- ldply(0:35, function(i)data.frame(s=0:i, n=i)) 
plot.new() 
plot.window(c(0,36), c(0,1)) 
apply(ps[ps$s<6 & ps$n - ps$s < 30, ], 1, function(x){ 
    s<-x[1]; n<-x[2]; 
    lines(c(n, n+1, n, n+1), c(s/n, s/(n+1), s/n, (s+1)/(n+1)), type="o")}) 
axis(1) 
axis(2) 
lines(6:36, 6/(6:36), type="o") 
# need to fill in the unconnected points on the upper frontier 

Answer 3

Matrix ponderato in frequenza è chiamata anche posizione del peso Matrix (in bioinformatica). Può essere rappresentato sotto forma di sequence logo. Questo è almeno il modo in cui io grafico la matrice della frequenza ponderata.

library(cosmo) 
data(motifPWM); attributes(motifPWM) # Loads a sample position weight matrix (PWM) containing 8 positions. 
plot(motifPWM) # Plots the PWM as sequence logo.