Installazione di ggbiplot da github

Sto provando a installare la versione di sviluppo di ggbiplot da Github. Durante l'installazione sto ottenendo il seguente messaggio di errore:Installazione di ggbiplot da github

library(devtools) 
install_github("ggbiplot", "vqv") 


Installing github repo(s) ggbiplot/master from vqv 
Installing ggbiplot.zip from https://github.com/vqv/ggbiplot/zipball 
Installing ggbiplot 
* checking for file 'C:\Users\Muhammad Yaseen\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u\vqv-ggbiplot-2623d7c/DESCRIPTION' ... OK 
* preparing 'ggbiplot': 
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK 
* checking for LF line-endings in source and make files 
* checking for empty or unneeded directories 
* looking to see if a 'data/datalist' file should be added 
* building 'ggbiplot_0.5.tar.gz' 
cygwin warning: 
    MS-DOS style path detected: C:/Users/MUHAMM~1/AppData/Local/Temp/Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz 
    Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/Users/MUHAMM~1/AppData/Local/Temp/Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz 
    CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning. 
    Consult the user's guide for more details about POSIX paths: 
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames 

Warning: invalid package 'Yaseen/R/win-library/2.14' 
Error: ERROR: cannot cd to directory 'C:/Users/Muhammad' 
Error: Command failed (1) 
In addition: Warning message: 
running command '"C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R" CMD INSTALL C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz --library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14' had status 1

Qualche idea per capire questo problema. Grazie in anticipo per l'aiuto e il tempo.

Modifica

Dopo aver scaricato da Github, anche provato

install.packages("vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz", repos=NULL, type="source")

che ha prodotto questo messaggio di errore

Installing package(s) into ‘C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in untar2(tarfile, files, list, exdir) : unsupported entry type 'g' 
Warning messages: 
1: running command 'C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R CMD INSTALL -l "C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14" "vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz"' had status 1 
2: In install.packages("vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz", repos = NULL, : 
    installation of package ‘vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz’ had non-zero exit status

fonte

2012-03-13 MYaseen208

Errore 'ERRORE: impossibile scrivere nella directory 'C:/Users/Muhammad' in combinazione con' invalid il pacchetto 'Yaseen/R/win-library/2.14'' suggerisce che il problema sia con gli spazi nel percorso della directory (es. 'C:/Users/Muhammad Yaseen'). –

@mathematical.caffè: posso installare tutti gli altri pacchetti da CRAN e Github e ho solo problemi con questo pacchetto specifico. Non so perché? Qualsiasi soluzione – MYaseen208

Si consiglia di non disporre di spazi nel percorso della libreria R o nel percorso R. Immagino che qualcosa in 'install_github' non citi il percorso per proteggersi dagli spazi - vedi come (nel tuo primo log degli errori) dice" comando di esecuzione ... R CMD INSTALL ... -library = C:/Users/Muhammad Yasseen/... "', e non ci sono virgolette che circondano 'C:/Users/Muhammad Yasseen/..'? Questo è il problema. (I percorsi dei file con spazi devono essere racchiusi tra virgolette per i comandi di tipo 'R CMD INSTALL'). Aggiornamento –

È perché il vostro percorso RLIB ha uno spazio in esso: C:/Users/Muhammad Yasseen/R/win-library/2.14.

Vedere come nel primo registro errori il messaggio di avvertimento era

running command '"C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R" CMD INSTALL 
C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz 
--library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14' 
had status 1

In particolare, il --library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14.

Questo deve essere --library="C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14" per occuparsi dello spazio.

Utilizzando install.packages si prende cura delle citazioni per voi - vedere come il messaggio secondo avviso (quando si è usato install.packages) era

running command 'C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R CMD INSTALL 
-l "C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14" 
"vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz"' had status 1

Il -l "C:/Users/Muhammad Yasseen/R/win-library/2.14" ha virgolette attorno ad esso, in modo da non ottengono lo stesso errore.

ho avuto un rapido sguardo alle install-github fonti, e costruisce il comando R CMD INSTALL via:

paste("CMD INSTALL ", built_path, " --library=", .libPaths()[1], sep="")

Vedi come non circondano .libPaths()[1] tra virgolette in caso di spazi? Immagino sia il tuo problema.

Per quanto riguarda una correzione, sembra che ci sia un errore utilizzando install.packages() su un file tar generato da git (come riportato here). Quindi, è possibile:

Modifica posizione la libreria R da qualche parte senza spazi
decomprimere il file .tar.gz (non so quale software fa questo su Windows) e installare dal estratti directory piuttosto rispetto allo .tar.gz.

fonte

2012-03-13 01:41:23

- segnalato [qui] (https://github.com/hadley/devtools/issues/73), sembra che sia stato corretto nell'ultima versione (dovresti installare la versione del bordo sanguinante di 'devtools' tuttavia, è possibile installare 'git' e clonare direttamente il repository). –

Non è possibile decomprimere il .tar.gz perché pulisce quel file più rapidamente di quanto sia possibile afferrarlo (l'ho guardato apparire e essere cancellato di nuovo). Correggetemi se ho torto, ma non posso ottenere devtools da github per lo stesso motivo: S

fonte

2013-03-09 10:40:25 AJAMESGREEN

risposta

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