future.utils.six non trovato durante il tentativo di importare i moduli skbio

Question

Ho appena installato numpy e scikit-bio utilizzando pip3. Se importare DNASequence in una sessione interattiva ricevo un messaggio di errore:

>>> from skbio.sequence import DNASequence 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/__init__.py", line 64, in <module> 
    from skbio.stats.distance import DistanceMatrix 
    File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/__init__.py", line 293, in <module> 
    from ._base import (DissimilarityMatrixError, DistanceMatrixError, 
    File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/_base.py", line 11, in <module> 
    from future.utils.six import StringIO, string_types 
ImportError: No module named 'future.utils.six' 

esecuzione 'elenco PIP3' mi dimostra che sei 1.8.0 è installato. Ancora più strano, se ripeto l'istruzione import, DNASequence viene caricato correttamente. Qualche idea su cosa sta causando questo comportamento?

Sono in esecuzione Mac OS X 10.9.5 (Mavericks), Python 3.4.1 (installato tramite homebrew).

Answer 1

Si è verificato un problema con la modifica del pacchetto future nella versione 0.14.0 (la rimozione di future.utils.six, come indicato in here).

Abbiamo questo risolto nella versione di sviluppo di scikit-bio, ma nel frattempo è possibile ottenere questo a lavorare di nuovo con le versioni di sblocco come segue:

pip uninstall future pip install future==0.13.1

Vedi here per un po 'di discussione il problema se sei interessato.