Plot interazione R grafici di

Question

devo seguente tipo di dati (anche se il numero di punti dati è molto grande)

# property data 
name <- c("A", "B", "C", "D") 
diameter <- c(4.3, 8.3,1.2, 3.3) 
X <- c(1, 2, 3, 4) 
Y <- c(1, 3, 3, 4) 
colr <- c(10, 20, 34, 12) 
propdata <- data.frame (name, diameter, X, Y, colr) 


# interaction data 
name1 <- c("A", "A", "A", "B", "B") 
name2 <- c("B", "C", "D", "C", "D") 
score <- c(1.1, 2.2, 5.4, 3.1, 2.0) 
relation <- data.frame (name1, name2, score) 

voglio creare un grafico simile alla seguente, tale che ha le seguenti proprietà.

(

1) diameter of circles is governed by propdata$diameter 
(2) Position in xy field is governed by cordinates of propdata$X and propdata$y 
(3) Fill color of the circle is controlled by propdata$colr 
(4) Interaction is governed by relation data.frame, name1 
    and name2 elements will be connected and weight of the line is govenmened 
    by relation$score. 

E 'possibile rendere tale grafico con base di R esistente o qualsiasi software di grafica popolare o hanno bisogno di un software più specializzato

Modifiche:.

Questo è per quanto riguarda la trama della bolla:

p <- ggplot(propdata, aes(X,Y,size = diameter, label=name)) 
p <- p + geom_point(colour= "red")+geom_text(size=3) # colour = colr does not work 
p 

Answer 1

Ecco cosa ho cucinato in fretta con qgraph:

library("qgraph") 

plot(1,type='n',xlim=c(min(propdata$X)-0.5, 
    max(propdata$Y)+0.5),ylim=c(min(propdata$Y)-0.5,max(propdata$Y)+0.5), 
    xlab="",ylab="") 

col <- rgb(0,1-propdata$colr/max(propdata$colr),0) 

qgraph(relation,plot=FALSE,rescale=FALSE,layout=as.matrix(propdata[c("X","Y")]), 
     edge.color="darkred",color=col,propdata$colr,directed=FALSE,esize=10, 
     vsize=propdata$diameter+2,lcolor="white",curve=c(0,0,-0.2,0,0)) 

Answer 2

Quindi, il problema è la creazione di una trama linea che rappresenta l'interazione.

Per fare ciò, è necessario formattare i dati nel modulo appropriato. Si desidera tracciare segmenti, e per questo è necessario le coordinate di ogni segmento in una singola riga nella cornice di dati:

interaction <- merge(propdata, relation, by.x="name", by.y="name1") 
interaction <- cbind(interaction, 
       merge(propdata, relation, by.x="name", by.y="name2")[, c("X", "Y")]) 
names(interaction)[8:9] <- c("Xend", "Yend") 
interaction 

    name diameter X Y colr name2 score Xend Yend 
1 A  4.3 1 1 10  B 1.1 2 3 
2 A  4.3 1 1 10  C 2.2 3 3 
3 A  4.3 1 1 10  D 5.4 3 3 
4 B  8.3 2 3 20  C 3.1 4 4 
5 B  8.3 2 3 20  D 2.0 4 4 

Ora ci imbattiamo in un altro problema. In ggplot2, è possibile avere una scala di dimensioni singole. Dato che hai un argomento di dimensione sia per il punto che per la linea, questo rappresenta davvero due cose, questo non può essere fatto senza una soluzione alternativa.

Quindi la soluzione è disegnare manualmente i cerchi utilizzando geom_polygon.

costruiscono la struttura di dati con i cerchi:

circle <- function(x, y, d, color, scale=1){ 
    d <- d * scale 
    angle <- seq(-pi, pi, length = 50) 
    data.frame(
    x = x + d/2*sin(angle), 
    y = y + d/2*cos(angle), 
    color=color) 
} 

circles <- ddply(propdata, .(name), 
       function(x)with(x, circle(X, Y, diameter, colr, scale=0.2))) 

Infine, creare la trama:

ggplot() + 
    geom_polygon(data=circles, aes(group=name, x=x, y=y, fill=color)) + 
    geom_text(data=propdata, aes(x=X, y=Y, label=name), hjust=0, vjust=0) + 
    geom_segment(data=interaction, aes(x=X, y=Y, xend=Xend, yend=Yend, size=score)) + 
    scale_size("Inter", to=c(0, 5)) + 
    coord_equal()