In che modo gli utenti di Sweave collaborano con gli utenti di Word?

Question

Vorrei inserire la domanda discussa here nella community SO: qual è il modo migliore per gli utenti di Sweave di collaborare con gli utenti di Word?

Sto provando a spostare il mio intero flusso di lavoro su R e Sweave (o simile, ad esempio forse Knitr si dimostrerà più utile). Tuttavia, l'ultimo passaggio del mio flusso di lavoro è di solito scrivere un manoscritto con i collaboratori. Funzionano passando i documenti MS Word avanti e indietro e modificando il testo utilizzando le Revisioni.

Stabiliamo che non riesco a convincere nessuno di loro a imparare nuovi software - il loro processo non cambierà. Sto cercando un modo semplice per:

1.) invia Sweave-creato documenti coautori

2.) consentire loro di aprire i documenti in Word e fare le modifiche rilevate

3.) ricevono i documenti modificati e reinserirli in Sweave, idealmente con i cambiamenti dei co-autori evidenziati in qualche modo

4.) E se la soluzione funziona per OSX, sarebbe grandioso.

La discussione on the R help mailing list si concentra su SWord che sembra non documentato e disponibile solo per Windows. Qualcuno sa se è buono? La discussione on Vanderbilt's biostatistics wiki è utile per ottenere documenti Sweave in moduli leggibili Word, ma non tanto su come integrare i documenti Word modificati con Sweave.

Answer 1

io uso una combinazione di approcci, a seconda di chi è l'editing. L'impostazione predefinita prevede che gli editor/collaboratori marcino un PDF o una copia cartacea. Foxit Reader è gratuito e offre strumenti di commento PDF più estesi rispetto al lettore Acrobat, sebbene il lettore consenta le bolle di commento.

Per contributi più estesi, è utile separare le parti di Sweave di un documento dal testo principale, ad es. scrivendo risultati nei risultati.Rnw e inserendo \input{results.tex} nel documento principale. Ciò consente di inviare la parte che non include il markup R. Puoi anche copiare e incollare tutto tra il preambolo e la bibliografia in un documento word e chiedere agli utenti di ignorare il markup. Se si copia e incolla da un editor con evidenziazione della sintassi, è possibile copiarlo a parola, semplificando il processo.

Si potrebbe anche considerare l'utilizzo di Inference for R, che è come Sweave per Word. C'è anche Lyx, che richiede agli utenti di imparare un nuovo programma, ma che è più facile da usare rispetto a Sweave.

Answer 2

Ho sempre pensato che questo era un caso d'uso buono per odfWeave ....

Answer 3

Ho fatto ricerche sul problema per un paio di settimane, ed ecco cosa ho scoperto finora. Purtroppo, la mia reputazione di principiante non consente di pubblicare tutti i link corretti, ma la ricerca di Google dovrebbe essere evidente per tutti i pacchetti coinvolti.

Le conversioni tra LaTeX e Word sono scomode, pertanto ritengo sia possibile utilizzare un terzo formato che consenta l'esportazione sia su LaTeX che su Word. Sono disponibili diverse alternative. Innanzitutto, hai Markdown, un linguaggio di markup che sto usando anche per scrivere questo post :). Markdown di per sé non è adatto per la scrittura accademica, ma c'è uno sviluppo extension che consente citazioni, note a piè di pagina e altre caratteristiche della scrittura tecnica.

Secondo, forse più promettente, il markup ReStructuredText di Docutils, che può già gestire le citazioni. La mia idea è di scrivere i miei articoli in testo semplice usando reST, tessendoli (o lavorandoli a maglia) usando knitr in HTML o PDF, questo è supportato nativamente dall'interno R. Il codice R può essere incorporato, ovviamente, questo è il punto.

Per convertire il testo in formato .doc si può usare Pandoc, che può anche gestire citazioni, ed è in grado di convertire tra diversi formati di documenti, tra cui PDF, Word, OpenDocument ecc

devo ancora capire il tutto il flusso di lavoro. La conversione tra i formati senza le citazioni mi sembra abbastanza semplice (anche se in seguito richiede alcune modifiche minori in Word). Lavorare con le citazioni richiede ancora una certa comprensione. Spero che questa informazione aiuti chi sta seguendo lo stesso percorso di Reproducible Research, ma anche nella necessità di condividere testi con la popolazione non geek.