creando diagramma ad albero per mostrare conteggio caso utilizzando R

Question

necessario creare un "albero diagramma" grafico -come per presentare il numero di casi per diversi casi, come quello mostrato di seguito:

L' immagine è citato da:

Pediatrics. 2005 Dec;116(6):1317-22. 
Electronic surveillance system for monitoring surgical antimicrobial prophylaxis. 
Voit SB, Todd JK, Nelson B, Nyquist AC. 

posso ottenere i numeri facilmente dal R usando il comando table, ma non è un buon modo per presentarlo.

La tabella può essere realizzata senza colori o elementi decorativi, voglio solo utilizzare il formato per presentare i numeri. Eventuali suggerimenti?

Answer 1

Il diagramma ad albero può essere disegnato utilizzando il pacchetto "diagramma". È un pacchetto generico per disegnare diagrammi di flusso ecc. Vedere

library(diagram) 
demo("flowchart") 

Answer 2

Ho avuto una richiesta simile per questi tipi di grafici ogni settimana. Ho fatto quello che Skullkey suggerisce qui e poi l'ho cucinato. Probabilmente non è bello come quello che mostri, ma ha l'idea principale.

consort.dia <- function(
screened=45, 
eligible=46, 
neligible=47, 
interested=48, 
ninterested=49, 
consented=50, 
nconsented=51, 
treat=52, 
control=53 
){ 
require(diagram) 

openplotmat(main="Consort Diagram") 

elpos<-coordinates (c(1,3,3,4,5)) 

fromto <- matrix(ncol=2,byrow=TRUE, 
       data=c(1,2, 
         1,3, 
         1,4, 
         2,5, 
         2,6, 
         2,7, 
         5,8, 
         5,9, 
         5,10, 
         8,12, 
         8,13 
        ) 
      ) 

nr  <-nrow(fromto) 

arrpos <- matrix(ncol=2,nrow=nr) 

for (i in 1:nr) 
    arrpos[i,] <- straightarrow ( 
         to=elpos[fromto[i,2],], 
         from=elpos[fromto[i,1],], 
         lwd=2,arr.pos=0.6, 
         arr.length=0.5 
         ) 

textrect (elpos[1,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Screened\n",screened)) 

textrect (elpos[2,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Eligible\n",eligible)) 

textrect (elpos[3,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Not Eligible\n",neligible)) 

textrect (elpos[4,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Screening \n Incomplete\n",screened-(neligible+eligible))) 

textrect (elpos[5,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Interested\n",interested)) 

textrect (elpos[6,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Not Interested\n",ninterested)) 

textrect (elpos[8,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Consented\n",consented)) 

textrect (elpos[9,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Not Consented\n",nconsented)) 

textrect (elpos[12,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Treatment\n",treat)) 

textrect (elpos[13,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Control\n",control)) 

textrect (elpos[7,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("Unable to \nReach\n",eligible-{interested+ninterested})) 

textrect (elpos[10,],radx=.094,rady=.05,lab=paste("In Progress\n",interested-{consented+nconsented})) 

} 

Risulterà:

Answer 3

library(diagram) 
par(mfrow=c(1,1)) 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
##initialize new grphics device 
openplotmat() 
##number of elements per row 
elpos<-coordinates (c(1,1, 2, 2, 2, 3,2)) 
##draw arrows from each row to next row 
treearrow(from=elpos[1,],to=elpos[2,],lwd=6) 
treearrow(from=elpos[2,],to=elpos[3:4,],lwd=6) 
treearrow(from=elpos[3,],to=elpos[5,],lwd=6) 
treearrow(from=elpos[4,],to=elpos[6,],lwd=6) 

treearrow(from=elpos[5,],to=elpos[7:8,],lwd=6) 

treearrow(from=elpos[7,],to=elpos[9:10,],lwd=6) 
treearrow(from=elpos[8,],to=elpos[11,],lwd=6) 

treearrow(from=elpos[9,],to=elpos[12,],lwd=6) 
treearrow(from=elpos[10,],to=elpos[13,],lwd=6) 

##create a generic 3-lined label for each textbox 
labels = vector(length=13) 
for(i in 1:13) { 
labels[i] = paste(c(sample(letters, 3), "\n", sample(letters, 3) , "\n", sample(letters, 3)), collapse="") 
} 
labels[12] = "Consistent with AAP\nguidelines" 

##plot text boxes 
for (i in 1:13) textround (elpos[i,],radx=0.08,rady=0.05,lab=labels[i])