Installa xlsx e rJava su macOS Mavericks 10.9.5

Question

È un vero incubo installare rjava sul mio Mac.

La mia configurazione:

MacOS 10.9.5 
Java: 7u71 (64 bits dowloaded from Oracle site) 
R: R version 3.1.1 (2014-07-10) 

In primo luogo, nella riga di comando ho eseguito il

sudo R CMD javareconf 

Poi, mi corse dentro R:

install.packages('rJava') 

L'errore alla fine del la compilazione è questa:

JavaVM -F/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n 
ld: library not found for -licuuc 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1 
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2 
make: *** [jri] Error 2 
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’ 
* removing ‘/Users/costa/Library/R/3.1/library/rJava’ 

Ho provato Java 8 e il java predefinito di Mac e ho ottenuto lo stesso errore.

Ideias?

Answer 1

Ho avuto lo stesso errore sul mio computer (Mac OS 10.9.5, Java 1.8.0_11, R 3.1.1). L'installazione del più recente JDK Java da Oracle (1.8.0_25) non risolve il problema (ancora). Tuttavia, dopo aver aggiornato Java, l'installazione di R 3.1.2 ha risolto il problema per me. Dopo aver eseguito install.packages("rJava"), questo funziona:

> library("rJava") 
> .jinit() # this starts the JVM 
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!") 
> .jcall(s,"I","length") 
[1] 12 

si noti che l'aggiornamento del JDK è qualcosa di diverso dalla versione di Java nel Pannello di controllo Java GUI, accessibile attraverso le preferenze di sistema. Quest'ultimo è solo il JRE per il plug-in del browser internet.

Answer 2

Quello che ho fatto (usando MacPorts R), come root (sudo bash):

• modificare /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf e cambiare la linea

  LIBS = -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n 
  

  a

  LIBS = -llzma -lm -liconv 
  

• installa l'originale 1.6 Mac Java

• esportazione JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

• corsa R CMD javareconf

Ora è possibile avviare R e fare un install.packages("rJava"). Usando la versione 1.6 di Java assicurati che anche RStudio possa caricare il pacchetto rJava.

Se non si prevede usando RStudio, è anche possibile utilizzare Java 1.8

Answer 3

ho avuto lo stesso problema.Sto utilizzando OS X Yosemite e inizialmente aveva installato R attraverso homebrew

ho eseguito le seguenti operazioni per risolvere il problema:

1. Chiuso tutte le istanze di R
2. nel mio guscio terminale, imbattuto sudo R CMD javareconf

3. aperto R da mio terminale e corse:

   install_packages("rJava")

   install_packages("xlsx")

Answer 4

Utilizzando il vecchio Java SE 6 sono stato in grado di ottenere Rjava compilato eseguendo javareconf come segue:

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home \ 
JAVA_CPPFLAGS=-I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers/ \ 
r CMD javareconf 

Answer 5

ero effettivamente in grado di evitare di modificare il mio ambiente completamente utilizzando il file binario Mac per installare rJava sul mio Macbook (con OS X Yosemite e R versione 3.2.3). In primo luogo, effettuare le seguenti operazioni in R da installare Rjava:

install.packages("rJava", type = "mac.binary") 

Presumibilmente indipendente da questo, per qualche motivo non ho potuto installare xlsx fino a quando ho installato il xlsxjars dipendenza. Quindi quanto segue in R:

install.packages(c("xlsxjars", "xlsx")) 

E con quelle due comandi, xlsx appare installare bene su un Mac!

Answer 6

questo ha funzionato per me:

sudo R CMD javareconf 

Poi, nella R interprete:

install.packages('rJava', type='source') 
install.packages('xlsx', type='source')