Sto utilizzando il pacchetto testthat per scrivere i test per il mio pacchetto R. Ho seguito le istruzioni allo http://r-pkgs.had.co.nz/tests.html (credo). Ho usatoI test del pacchetto R non vengono trovati durante l'esecuzione del controllo R CMD
devtools::use_testthat()
per impostare lo scheletro di prova. Ho creato un file di prova in tests/testthat e il nome file inizia con test. Quando eseguo devtools::test() o Ctrl + Shift + T in RStudio, i test vengono eseguiti correttamente, tuttavia quando eseguo R CMD check o Ctrl + Shift + E, testthat non riesco a trovare il mio pacchetto. Ottengo l'errore
> library(testthat)
>
> test_check("foo")
Loading required package: foo
Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'foo'
Calls: test_check ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called 'foo'
Execution halted
faccio modificare il mio percorso di libreria impostando R_LIBS_SITE nel mio file .Renviron. Sospetto che non venga letto durante l'esecuzione di R CMD check, ma non penso che dovrebbe fare la differenza.
Quando si esegue devtools::check() dalla console di RStudio, questo viene completato correttamente (inclusi i test), tuttavia l'esecuzione di Archiviazione in RStudio non riesce.
ho aggiunto un po 'di debug per testthat.R stampare .libPaths() e altri pezzi:
> library(testthat)
> .libPaths()
[1] "C:/Users/timk/AppData/Local/Temp/Rtmp841w0b/RLIBS_1790551706"
[2] "C:/Program Files/R/R-3.2.2/library"
> list.files(.libPaths()[1])
[1] "KernSmooth" "MASS" "Matrix" "boot" "class"
[6] "cluster" "crayon" "digest" "foo" "foreign"
[11] "lattice" "magrittr" "memoise" "mgcv" "nlme"
[16] "nnet" "praise" "rpart" "spatial" "stringi"
[21] "stringr" "survival" "testthat"
> list.files(file.path(.libPaths()[1], "foo"))
character(0)
> list.files(file.path(.libPaths()[1], "testthat"))
[1] "CITATION" "DESCRIPTION" "INDEX" "LICENSE" "MD5"
[6] "Meta" "NAMESPACE" "R" "help" "html"
[11] "libs"
Si può vedere che la directory del pacchetto viene creata nella libreria temporanea, ma il pacchetto è vuoto. Confrontalo con l'elenco di file per testthat.
Ho anche provato a scaricare un altro pacchetto che utilizza testthat (anonymizer) e sto ottenendo lo stesso errore.
sessionInfo():
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 8 x64 (build 9200)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252 LC_MONETARY=English_Australia.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_Australia.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] foo_0.1 testthat_0.11.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] magrittr_1.5 tools_3.2.2 roxygen2_5.0.0 Rcpp_0.12.1 crayon_1.3.1 memoise_0.2.1 stringi_1.0-1
[8] stringr_1.0.0 digest_0.6.8 devtools_1.9.1
Qualche giorno fa stavo controllando un ramo di "adegenet" e l'inferno si è rotto. Dopo aver aggiunto 'R_LIBS_USER' al percorso dell'ambiente dell'utente, le cose sono state rilevate. Cosa dice il tuo '.libPaths()'? –
Una bella domanda. Ho aggiunto l'output per mostrare '.libPaths()' e il contenuto della libreria temporanea. La directory del pacchetto è in fase di creazione, ma è vuota. –
Hai provato ad aggiungere 'R_LIB_USER' all'ambiente utente o rimuovere la prima (temporanea) cartella? –