Lettura formato * .mhd/*. Raw in python

Question

Qualcuno può dirmi il modo in cui posso leggere un set di dati contenente .mhd/ .raw file in python?

Answer 1

Il modo più semplice è quello di utilizzare SimpleITK (MedPy utilizza ITK per .mhd file/.raw troppo). Comando

pip install SimpleITK 

funziona per molte versioni python. Per la lettura .mhd/.RAW è possibile utilizzare questo codice from kaggle

import SimpleITK as sitk 
import numpy as np 
''' 
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image. 
''' 

def load_itk(filename): 
    # Reads the image using SimpleITK 
    itkimage = sitk.ReadImage(filename) 

    # Convert the image to a numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x 
    ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage) 

    # Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa. 
    origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin()))) 

    # Read the spacing along each dimension 
    spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing()))) 

    return ct_scan, origin, spacing 

Answer 2

È possibile tenta di utilizzare MedPy o questo mhd_utils script

Answer 3

Uso skimage può essere ancora più facile dopo aver installato SimpleITK

import skimage.io as io 
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk') 

Questo darà una matrice NumPy con z, y, x ordinamento.