Unione di più raster in R

Question

Ho cercato di trovare un modo efficiente in termini di tempo per unire più immagini raster in R. Queste sono scene adiacenti ASTER della regione meridionale del Kilimangiaro, e il mio obiettivo è metterle insieme per ottenerne una immagine grande

Questo è quello che ho ottenuto finora (oggetto 'ast14dmo' che rappresenta un elenco di oggetti raster):

# Loop through single ASTER scenes 
for (i in seq(ast14dmo.sd)) { 
    if (i == 1) { 
    # Merge current with subsequent scene 
    ast14dmo.sd.mrg <- merge(ast14dmo.sd[[i]], ast14dmo.sd[[i+1]], tolerance = 1) 
    } else if (i > 1 && i < length(ast14dmo.sd)) { 
    tmp.mrg <- merge(ast14dmo.sd[[i]], ast14dmo.sd[[i+1]], tolerance = 1) 
    ast14dmo.sd.mrg <- merge(ast14dmo.sd.mrg, tmp.mrg, tolerance = 1) 
    } else { 
    # Save merged image 
    writeRaster(ast14dmo.sd.mrg, paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg", sep = ""), format = "GTiff", overwrite = TRUE) 
    } 
} 

Come sicuramente indovinare, il codice funziona. Tuttavia, la fusione richiede tempi abbastanza lunghi considerando che ogni singolo oggetto raster è grande circa 70 mb. Ho anche provato Reduce e do.call, ma ciò non è riuscito poiché non ho potuto passare l'argomento "tolerance" che elude le diverse origini dei file raster.

Qualcuno ha un'idea di come velocizzare le cose?

Answer 1

Oppure utilizzare do.call

ast14dmo.sd$tolerance <- 1 
ast14dmo.sd$filename <- paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg.tif", sep = "") 
ast14dmo.sd$overwrite <- TRUE 
mm <- do.call(merge, ast14dmo.sd) 

o qui, per l'esempio in raster :: unire

r1 <- raster(xmx=-150, ymn=60, ncols=30, nrows=30) 
r1[] <- 1:ncell(r1) 
r2 <- raster(xmn=-100, xmx=-50, ymx=50, ymn=30) 
res(r2) <- c(xres(r1), yres(r1)) 
r2[] <- 1:ncell(r2) 

x <- list(r1, r2) 
x$filename <- 'test.tif' 
x$overwrite <- TRUE 
m <- do.call(merge, x) 

Answer 2

È possibile utilizzare Reduce in questo modo, per esempio:

Reduce(function(...)merge(...,tolerance=1),ast14dmo.sd) 

Answer 3

La funzione "Unisci" del pacchetto Raster è un po 'lenta. Per i grandi progetti un'opzione più veloce è quello di lavorare con i comandi GDAL in R.

library(gdalUtils) 
library(rgdal) 

lista Corporatura di tutti i file raster si desidera partecipare (nella directory di lavoro corrente).

all_my_rasts <- c('r1.tif', 'r2.tif', 'r3.tif') 

Creare un file raster modello su cui costruire. Pensa a questa grande tela bianca per aggiungere piastrelle.

e <- extent(-131, -124, 49, 53) 
template <- raster(e) 
projection(template) <- '+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs' 
writeRaster(template, file="MyBigNastyRasty.tif", format="GTiff") 

Unisci tutte le tessere raster in un unico grande raster.

mosaic_rasters(gdalfile=all_my_rasts,dst_dataset="MyBigNastyRasty.tif",of="GTiff") 
gdalinfo("MyBigNastyRasty.tif") 

Questo dovrebbe funzionare abbastanza bene per la velocità (più veloce che si fondono nel pacchetto raster), ma se si dispone di migliaia di piastrelle si potrebbe anche voler esaminare la costruzione di un VRT prima.