Ho un data.frame con 2 colonne: nodo A, Nodo B. Ciascuna voce del telaio implica un bordo in un grafico tra il nodo A e B.Creazione di una lista di adiacenza di una data.frame
Ci deve essere un bel one-liner per convertire questo data.frame in una lista di adiacenze. Qualche suggerimento?
rapido e sporco ...
> edges <- data.frame(nodea=c(1,2,4,2,1), nodeb=c(1,2,3,4,5))
> adjlist <- by(edges, edges$nodea, function(x) x$nodeb)
> for (i in as.character(unique(edges$nodea))) {
+ cat(i, ' -> ', adjlist[[i]], '\n')
+ }
1 -> 1 5
2 -> 2 4
4 -> 3
> adjlist
edges$nodea: 1
[1] 1 5
------------------------------------------------------------
edges$nodea: 2
[1] 2 4
------------------------------------------------------------
edges$nodea: 4
[1] 3
come rappresenterebbe una lista di adiacenza in R? ha bisogno di elenchi di dimensioni variabili per l'insieme di nodi adiacenti; quindi allora devi usare una lista(); ma allora a cosa serve averlo in R?
Posso pensare a trucchi lame con funzioni simil-ma, ma eseguono una scansione lineare per ogni nodo. ma giocando per 1 minuto, ecco: una lista di pairlist, dove il secondo elemento di ogni coppia è la lista di adiacenza. l'output è più folle di quanto lo sia la struttura dati.
> edgelist=data.frame(A=c(1,1,2,2,2),B=c(1,2,2,3,4))
> library(plyr)
> llply(1:max(edgelist), function(a) list(node=a, adjacents=as.list(edgelist$B[edgelist$A==a])))
[[1]]
[[1]]$node
[1] 1
[[1]]$adjacents
[[1]]$adjacents[[1]]
[1] 1
[[1]]$adjacents[[2]]
[1] 2
[[2]]
[[2]]$node
[1] 2
[[2]]$adjacents
[[2]]$adjacents[[1]]
[1] 2
[[2]]$adjacents[[2]]
[1] 3
[[2]]$adjacents[[3]]
[1] 4
[[3]]
[[3]]$node
[1] 3
[[3]]$adjacents
list()
[[4]]
[[4]]$node
[1] 4
[[4]]$adjacents
list()
Brendan- il punto di vista standard (almeno da igraph's) è un elenco di vertici - e ogni elemento di elenco è un vettore di vertici adiacenti. –
> edges <- data.frame(nodea=c(1,2,4,2,1), nodeb=c(1,2,3,4,5))
> attach(edges)
> tapply(nodeb,nodea,unique)
$`1`
[1] 1 5
$`2`
[1] 2 4
$`4`
[1] 3
per qualche strana ragione interna a R 'tapply (as.character (nodeb), as.character (nodea), unique)' è 100s di volte più veloce nel convertire la mia tabella molto lunga (100.000 linee) in una lista rispetto a 'tapply (Nodo B, NodoA, unico nel suo genere) '!!! –
Dal momento che si tagged questo igraph, ne dite di usare costruito in funzione?
> g <- graph.data.frame(edges)
> adjlist <- get.adjedgelist(g)
Solo l'avvertenza è che i vertici sono indicizzati a zero, che cambieranno con igraph 0.6.
Guh. Sì. Questo è un perfetto rivestimento. Stranamente, la mia soluzione for loop viene eseguita due volte più velocemente di(). –
infatti non è molto veloce quando la tua tabella è lunga 50.000 (con ~ 5000 identificatori). Ci sono alternative più veloci? –