Python non scrive una stringa completa sul file

Question

Sto tentando di inviare una sequenza proteica allineata a un file, tuttavia, la stringa di output viene troncata ogni volta che tento di scrivere la stringa su file. La stringa che sto tentando di scrivere è lunga 4603 caratteri e viene stampata sulla console con il numero corretto di caratteri. Il primo frammento di codice che sto allegando riguarda la variabile di output stessa. Qui includerò le stringhe complete, perché il modo in cui le stringhe vengono troncate dopo aver scritto su un file sono state riproducibili per me.

out=open('out.7.9.12.txt','a+') 

score_dict={} 
Max='1ZER' 
al1='XMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDLDVXXXVNMXFVXXXIXXXXAXXGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGTLAIXXXXXXXPILAFVXAXXXXXXXXXXXSXXXXXXXXFLLXXXXXWPSXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXALXXIRIYXYWYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXWRRTXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXLGMQVRYXXXXXXXXXXXXVHHXXEXDYQXFCYSXXXXXFRGXXRPXGXHXXKXXXPSILXXMLHXGXXXFSAHKDMWXXXXXXLSVXXXXXXXXXVXXKXFLPKNLXXXHLVCXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMPXXGHXXXEXGTTRSXXXXXXXXXXSLXXXXDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDLSIDGQXVKRIHQFXXXXXXXXXXXVXEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXLXKXLXNXXXXXXXXXXXXXXKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXHLVXXXGTSMGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAXXGXXVYAAYYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPSDVSSLXXCLXVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXPXXXXXXXXXXXXXXXXXXAXXXXXGLXQXXXXYSXTDXXXNQFXXVXXXQRXXXXLXXXXXXXXXXXXXXXXXKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXELQGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXSAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVXXEKIXXXXPXXXXLIPSTPEXXEMSXEMLXXXXQXXLCXXXSXYXVXXXXXRFXKVPXQXXXXXXXXQIXLQXGXLVDVXXRXXIXPXXXHNXNXXFYRKXLXXXFLXXXXXXXXEIXVXSEXXXXXXKXXSXXXXXRYSXLXXXHXQNMXXXDKIXXXXXXXXXXKVXPTQXXIXXIWXXXXGXXXKQDXXXQVLXXDVXXXXSGADMLXXAKXXXSIAXNCQVXXEXXLXLEXXNCGXHSVVMEXRPRXXXKXTAKLXXIIDFLASVHNTDNNKKLDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX' 

score_dict[Max]=al1 

for name,sequence in score_dict.items(): 
      out.write('>') 
      out.write(name) 
      out.write('\n') 
      for line in score_dict[name]: 
        out.write(line) 
      out.write('\n') 

Con questo snippet di codice, l'output del file deve essere uguale a al1. Tuttavia, l'output al file è la seguente:

XMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDLDVXXXVNMXFVXXXIXXXXAXXGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGTLAIXXXXXXXPILAFVXAXXXXXXXXXXXSXXXXXXXXFLLXXXXXWPSXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXALXXIRIYXYWYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXWRRTXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXLGMQVRYXXXXXXXXXXXXVHHXXEXDYQXFCYSXXXXXFRGXXRPXGXHXXKXXXPSILXXMLHXGXXXFSAHKDMWXXXXXXLSVXXXXXXXXXVXXKXFLPKNLXXXHLVCXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMPXXGHXXXEXGTTRSXXXXXXXXXXSLXXXXDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDLSIDGQXVKRIHQFXXXXXXXXXXXVXEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXLXKXLXNXXXXXXXXXXXXXXKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXHLVXXXGTSMGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAXXGXXVYAAYYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPSDVSSLXXCLXVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXPXXXXXXXXXXXXXXXXXXAXXXXXGLXQXXXXYSXTDXXXNQFXXVXXXQRXXXXLXXXXXXXXXXXXXXXXXKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXELQGXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXSAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVXXEKIXXXXPXXXXLIPSTPEXXEMSXEMLXXXXQXXLCXXXSXYXVXXXXXRFXKVPXQXXXXXXXXQIXLQXGXLVDVXXRXXIXPXXXHNXNXXFYRKXLXXXFLXXXXXXXXEIXVXSEXXXXXXKXXSXXXXXRYSXLXXXHXQNMXXXDKIXXXXXXXXXXKVXPTQXXIXXIWXXXXGXXXKQDXXXQVLXXDVXXXXSGADMLXXAKXXXSIAXNCQVXXEXXLXLEXXNCGXHSVVMEXRPRXXXKXTAKLXXIIDFLASVHNTDNNKKLDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 

incollare queste due sequenze in un word processor e contando i caratteri mostrerà che il primo ha 4603 caratteri e la seconda ha 4090 caratteri.

Mi scuso per i blocchi di sequenza qui, ma non sono sicuro di come avrei potuto rappresentare con precisione questo problema.

EDIT: Il codice dovrebbe funzionare (ho risolto il problema di buffer e la questione citazioni)

Answer 1

Sei closing il file alla fine? Può darsi che alcuni dei tuoi dati si trovino nel buffer, quindi è bene fare il file close() quando hai finito (o flush() se non vuoi chiuderlo per qualche motivo).

Meglio ancora, per usare la with costrutto che si chiuderà il file per te quando si è fatto o si verifica un'eccezione:

with open('out.7.9.12.txt','a+') as out: 
    # the rest of your code indented under here 
    # .... 
    score_dict={} 
    Max=245 

nota del flush() documentazione:

Nota flush() non scrive necessariamente i dati del file sul disco. Utilizzare flush() seguita da os.fsync() per garantire questo comportamento

Answer 2

Uso out.flush() alla fine (o chiudere()) per cancellare i buffer.

Answer 3

Prova a mettere out.close() alla fine del tuo script. Assicurerà che tutto il tuo output venga scaricato nel file.

Inoltre, 'a +' è ridondante; 'a' è append-mode che è già scrivibile.

Max = '245' 
al1 = 'XMXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ...' 
scores = {Max:[al1]} 

with open('out.7.9.12.txt', 'a') as outf: 
    for name,data in scores.iteritems(): 
     outf.write('>{}\n{}\n'.format(name, '\n'.join(data))) 

Answer 4

Stavo avendo questo problema esatto. Ho scoperto che ho trascurato di chiamare vicino come metodo. Stavo usando foo.close invece di foo.close().

Questo l'ha risolto.