Dotplot con barre di errore, due serie, jitter leggero

Question

Ho una raccolta di dati su diversi studi. Per ogni studio sono interessato alla media di una variabile per genere e se questo differisce in modo significativo. Per ogni studio ho gli intervalli di confidenza media e del 95% per maschi e femmine.

Quello che vorrei fare è qualcosa di simile a questo:

ho utilizzato diverse versioni di dotplots (grafico a punti, dotplot2, un grafico a punti), ma non abbastanza arrivarci.

Utilizzo di Dotplot da Hmisc Sono riuscito ad avere una serie e le sue anomalie, ma non riesco a capire come aggiungere la seconda serie.

Ho utilizzato Dotplot e ho ottenuto la fine verticale delle barre di errore in seguito ai consigli forniti here.

Ecco un esempio di lavoro del codice che sto usando

data<-data.frame(ID=c("Study1","Study2","Study3"),avgm=c(2,3,3.5),avgf=c(2.5,3.3,4)) 
data$lowerm <- data$avgm*0.9 
data$upperm <- data$avgm*1.1 
data$lowerf <- data$avgf*0.9 
data$upperf <- data$avgf*1.1 

# Create the customized panel function 
mypanel.Dotplot <- function(x, y, ...) { 
    panel.Dotplot(x,y,...) 
    tips <- attr(x, "other") 
    panel.arrows(x0 = tips[,1], y0 = y, 
       x1 = tips[,2], y1 = y, 
       length = 0.05, unit = "native", 
       angle = 90, code = 3) 
} 

library(Hmisc) 
Dotplot(data$ID ~ Cbind(data$avgm,data$lowerm,data$upperm), col="blue", pch=20, panel = mypanel.Dotplot, 
     xlab="measure",ylab="study") 

Questa traccia tre colonne di dati, la media per i maschi (avgm), e inferiore e limite superiore dell'intervallo di confidenza al 95% (lowerm e upperm). Ho altre tre serie, per gli stessi studi, che fanno lo stesso lavoro per le materie femminili (avgf, lowerf, upperf).

I risultati che ho simile a questa:

Ciò che manca, in poche parole:

1. l'aggiunta di una seconda serie (avgf) con mezzi e gli intervalli di confidenza definiti su altre tre variabili per gli stessi studi

2. aggiungendo un po 'di jitter verticale in modo che non siano uno sopra l'altro ma il lettore può vederli entrambi anche quando si sovrappongono.

Answer 1

Purtroppo non posso aiutarti con Dotplot, ma trovo abbastanza semplice usando ggplot. Hai solo bisogno di riorganizzare i dati leggermente.

library(ggplot2) 
# grab data for males 
df_m <- data[ , c(1, 2, 4, 5)] 
df_m$sex <- "m" 
names(df_m) <- c("ID", "avg", "lower", "upper", "sex") 
df_m 

# grab data for females 
df_f <- data[ , c(1, 3, 6, 7)] 
df_f$sex <- "f" 
names(df_f) <- c("ID", "avg", "lower", "upper", "sex") 
df_m 

# bind the data together 
df <- rbind(df_m, df_f) 

# plot 
ggplot(data = df, aes(x = ID, y = avg, ymin = lower, ymax = upper, colour = sex)) + 
    geom_point(position = position_dodge(width = 0.2)) + 
    geom_errorbar(position = position_dodge(width = 0.2), width = 0.1) + 
    coord_flip() + 
    scale_colour_manual(values = c("blue", "red")) + 
    theme_classic() 

# if you want horizontal grid lines you may change the last line with: 
    theme_bw() + 
    theme(panel.grid.major.y = element_line(colour = "grey", linetype = "dashed"), 
     panel.grid.major.x = element_blank(), 
     panel.grid.minor.x = element_blank())