Installare un pacchetto/strumento python da un utente non root

Question

(1) Devo installare un pacchetto python (HTSeq) ma non ho i privilegi di root.

Il pacchetto richiede Python 2.4 o versione più recente. Abbiamo python 2.3 sul nostro cluster.

Così ho installato python 2.7 sul mio una directory locale utilizzando

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install 

(2) Il pacchetto richiede anche NumPy: così anch'io ho installato sul mio directory locale utilizzando:

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

e fatto

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/") 

(3) ho scaricato il file tar di H TSEQ (quale voglio scaricare) ed eseguire

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq 

si sta gettando seguente errore:

Could not import 'setuptools', 
falling back to 'distutils'. 
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'. 
Please install numpy and then try again to install HTSeq. 

Gentilmente mi fornire qualche suggerimento su come ottenere su di esso

Grazie in anticipo

Answer 1

Setuptools è un altro requisito che è necessario installare il pacchetto.

Un'opzione è utilizzare virtualenv per creare un ambiente python contenuto. Questo può essere fatto ovunque ed è di proprietà dell'utente che lo ha creato.

Per installare virtualenv senza privilegi di amministratore (da this answer):

Scarica tar.gz della versione più recente di virtualenv. Disimballare. Non hai nemmeno bisogno di installarlo, basta eseguire virtualenv.py, ad esempio:

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz 
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz 
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env 

env/bin/pip install HTSeq 
env/bin/pip install numpy 

Ora eseguire lo script utilizzando il binario pitone in un ambiente virtuale:

env/bin/python myscript.py 

Answer 2

1) Si installare setuptools (è necessario eseguire setup.py del proprio HTSeq).

fonti Scarica tar.gzsetuptools-0.6c11.tar.gz, scompattarlo e poi fare i passi, come è stato installato python2.7, ma nella cartella in cui si è spacchettato setuptools fonti:

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install 

2) quando si vuole installare setuptools, un file eseguibile easy_install verrà visualizzato nella cartella python2.7/scripts/. È possibile utilizzarlo per installare i pacchetti facilmente:

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq 

troverà automaticamente il pacchetto e verrà scaricato e installato per voi con tutte le dipendenze.