Ottieni walltime in uno script di lavoro PBS

Question

Quando si inoltra uno script di lavoro a un sistema di accodamento PBS, viene specificato automaticamente un walltime o dall'utente, ad es. via

#PBS -l walltime=1:00:00 

La domanda è se è possibile accedere a questo orario dallo script del lavoro. C'è una variabile di ambiente o un altro modo per ottenere questo walltime.

Alla fine, lo script di lavoro dovrebbe decidere di volta in volta se c'è ancora abbastanza tempo per fare un po 'di lavoro in più affinché il lavoro non venga ucciso dal sistema di accodamento.

Aggiornamento:

Almeno se l'utente ha specificato il walltime nella lista delle risorse, posso proporre la seguente soluzione (che lavora per bash)

read _ _ PBS_WALLTIME <<< `qstat -f $PBS_JOBID | grep "Resource_List.walltime"` 

che analizza il walltime dal qstat output e inserisce il valore nella variabile PBS_WALLTIME. Di conseguenza, il comando

echo $PBS_WALLTIME 

si produrrà qualcosa come

1:00:00 

Answer 1

Questo è memorizzato nel $ PBS_WALLTIME variabile d'ambiente.

Ovviamente, questo è per TORQUE, non sono sicuro di quale sistema di accodamento PBS si sta utilizzando.

Answer 2

Stavo cercando una risposta a questo e i commenti sopra mi hanno dato un'idea che sembra funzionare piuttosto bene. È possibile utilizzare qstat e afferrare le informazioni pertinenti da esso con sed:

qstat -f $PBS_JOBID | sed -rn 's/.*Resource_List.walltime = (.*)/\1/p' 

Mettendo questo nello script PBS stamperà il valore e si può usare bash standard per memorizzare l'output di questo in una variabile:

WALLTIME=$(qstat -f $PBS_JOBID | sed -rn 's/.*Resource_List.walltime = (.*)/\1/p') 

È anche possibile utilizzare questo per ottenere altre informazioni che non sono disponibili dalle variabili di ambiente PBS_ * come la quantità di memoria allocata per il lavoro e probabilmente altre cose.