Uscita di regressione di Cox in xtable - scelta di righe/colonne e aggiunta di un intervallo di confidenza

Question

Non voglio esportare l'output da una regressione di cox ad una tabella che poi posso inserire nel mio articolo. Credo che il modo migliore per andare a questo proposito è con XTABLE:

library(survival) 
data(pbc) 
fit.pbc <- coxph(Surv(time, status==2) ~ age + edema + log(bili) + 
    log(protime) + log(albumin), data=pbc) 

summary(fit.pbc) 
library(xtable) 
xtable(fit.pbc) 

Ora voglio fare quanto segue per l'output:

• Aggiungi intervallo di confidenza (IC) del 95%
• Select alcune righe, dicono l'età e log (ProTime)
• Round the exp (B) & CI o tre decimali
• Rimuovere la colonna con z & coef regolare

Grazie in anticipo!

Answer 1

Mi piacerebbe avvicinarmi a questo prima di dare un'occhiata a come il pacchetto survival costruisce la tabella che stampa per impostazione predefinita.

Per trovare la funzione che fa che la stampa, esaminare la classe del vostro oggetto in forma, e poi cercare un metodo di stampa per quella classe:

class(fit.pbc) 
# [1] "coxph" 
grep("coxph", methods("print"), value=TRUE) 
# [1] "print.coxph"   "print.coxph.null" 
# [3] "print.coxph.penal" "print.summary.coxph" 

Dopo aver dato un'occhiata al print.coxph, ecco cosa mi è venuto con:

cox <- fit.pbc 

# Prepare the columns 
beta <- coef(cox) 
se <- sqrt(diag(cox$var)) 
p <- 1 - pchisq((beta/se)^2, 1) 
CI <- round(confint(cox), 3) 

# Bind columns together, and select desired rows 
res <- cbind(beta, se = exp(beta), CI, p) 
res <- res[c("age", "log(protime)"),] 

# Print results in a LaTeX-ready form 
xtable(res) 

Answer 2

xtable(round(summary(fit.pbc)$conf.int[c(1,3),],3)) 
#-----------------------------# 
% latex table generated in R 2.13.1 by xtable 1.5-6 package 
% Sat Oct 15 18:36:04 2011 
\begin{table}[ht] 
\begin{center} 
\begin{tabular}{rrrrr} 
    \hline 
& exp(coef) & exp(-coef) & lower .95 & upper .95 \\ 
    \hline 
age & 1.04 & 0.96 & 1.02 & 1.06 \\ 
    log(bili) & 2.37 & 0.42 & 2.02 & 2.79 \\ 
    \hline 
\end{tabular} 
\end{center} 
\end{table} 

Questo dimostra ciò che si vede con str sul riassunto-oggetto

01.235.164,106 mila

str(summary(fit.pbc)) 
# snipped 
$ conf.int : num [1:5, 1:4] 1.0404 2.4505 2.3716 10.8791 0.0815 ... 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ : chr [1:5] "age" "edema" "log(bili)" "log(protime)" ... 
    .. ..$ : chr [1:4] "exp(coef)" "exp(-coef)" "lower .95" "upper .95"