Sto lavorando con immagini tif estremamente grandi che sto componendo in un'unica grande immagine. Ho una libreria creata da un mio collega che genera la piramide dell'immagine e fornisce uno strumento molto utile per visualizzare la piramide dell'immagine. Questo visualizzatore è ideale per dare un picco all'immagine grande e identificare visivamente i punti di interesse, ma i clienti sono più interessati all'analisi delle immagini su queste immagini di grandi dimensioni.Java - Come scrivere un'immagine tif grande (20.000x20.000 px o più grande)
Pertanto, è necessario esportare l'immagine molto grande in un singolo file. Trovo che ciò sia problematico considerando che queste immagini possono essere ovunque da 800 MB a dimensioni multiple di GB. E il solo compito di caricare questa singola immagine in memoria è impegnativo, in particolare quando si esegue l'analisi delle immagini.
Mi stavo chiedendo, se fosse possibile in Java scrivere questa grande immagine tiff in un blocco o riga per riga. Attualmente la mia applicazione sta esaurendo la memoria su macchine piccole (8 GB RAM).
L'attuale metodo per comporre queste immagini è:
Memorizzare i valori dei pixel in una
BufferedImageutilizzando unWritableRastershort[][]pixels = ... BufferedImage image = new BufferedImage(width, height, type); WritableRaster = image.getRaster(); for (int row = 0; row < height; row++) { for (int col = 0; col < width; col++) { raster.setSample(col, row, 0, pixel[row][col]); } }e quindi scrivere l'immagine tamponata a disco. Per questa parte sto usando
ImageJper scrivere l'immagine come tif. Se ci sono modi migliori che supportano 16 bit immagini TIF in scala di grigi, allora sarò felice di dare un'occhiata// BufferedImage image; from above ... ImagePlus img = new ImagePlus(); img.setImage(image); FileSaver fs = new FileSaver(img); fs.saveAsTiff(file.getAbsolutePath());
Il problema con questo metodo è che ha troppo grande di un ingombro di memoria per un 8GB della RAM.
Idealmente, quello che mi piacerebbe è avere un solo short[][]pixels. Questo è principalmente dovuto al fatto che ho bisogno di calcolare una funzione di fusione media, quindi un certo ingombro di memoria sarà lì. Anche in futuro aggiungerò una miscela lineare. Lo short[][]pixels dovrebbe occupare solo ~ 765 MB di RAM per i dati di 20k x 20k pixel, cosa che penso sia attualmente inevitabile, quindi per immagini più grandi ad esempio 100k x 100k pixel, mi auguro che i biologi non vogliano esportare questa immagine come richiederebbe 18 GB di RAM.
Successivamente modificheremo il codice per supportare l'esportazione di immagini estremamente grandi come il 100k x 100k. Per ora sto bene assumendo un pezzo di memoria per memorizzare i valori dei pixel iniziali.
Quindi, qual è un buon metodo per scrivere porzioni di un'immagine tif su disco, così posso supportare la scrittura di immagini core come le immagini 100k x 100k.
ho visto questo post: Write tiled output of TIFF, using ImageIO in Java
Ma appena discute il TIFF 6.0 spec. Ma esaminerò lo ImageOutputStreams. Tif è una bestia, quindi potrei semplicemente mordere il proiettile e incoraggiare i biologi a esportare solo le regioni di interesse.
EDIT: trovato una soluzione praticabile:
e
pagina del gruppo principale: https://github.com/openmicroscopy/bioformats
Puoi lavorare con l'immagine in sezioni, ad esempio quadrati da 10k px e unirli tutti insieme? –
Non ho problemi a lavorare con quadrati di 10k px, il problema è come scriverli in un file tif. – Jameshobbs
Dovresti forse dividere il problema. 1. Scrivi un file di dati di immagine grezza di grandi dimensioni. 2. Leggi quello e salva come tiff. Una volta che funziona, puoi cercare di farlo in 1 passaggio. – hyde