Generazione di una heatmap che raffigura i cluster in un set di dati utilizzando il clustering gerarchico in R

Question

Sto provando a prendere il mio set di dati che è costituito dall'interazione del DNA della proteina, raggruppare i dati e generare una heatmap che visualizza i dati risultanti in modo tale che i dati sembrano raggruppati con i cluster allineati sulla diagonale. Sono in grado di raggruppare i dati e generare un dendrogramma di tali dati, tuttavia quando generi la heatmap dei dati usando la funzione heatmap in R, i cluster non sono visibili. Se guardi le prime 2 immagini una è del dendrogramma che sono in grado di generare, la seconda è la heatmap che sono in grado di generare, e la terza è solo un esempio di una heatmap in cluster che mostra come mi aspetto il risultato per sembrare approssimativo. Come puoi vedere dal confronto tra la seconda e la terza immagine, è chiaro che ci sono cluster nella terza ma non nella seconda immagine.

Ecco un link al mio set di dati: http://pastebin.com/wQ9tYmjy

Sono in grado di raggruppare i dati e generare un bene in R:

args <- commandArgs(TRUE);

matrix_a <- read.table(args[1], sep='\t', header=T, row.names=1);

location <- args[2];

matrix_d <- dist(matrix_a);

hc <- hclust(matrix_d,"average");

mypng <- function(filename = "mydefault.png") {

png(filename)

}

options(device = "mypng")

plot(hc);

Sono anche in grado di generare una mappa termica va bene così:

matrix_a <- read.table("Arda_list.txt.binary.matrix.txt", sep='\t', header=T, row.names=1);

mtscaled <- as.matrix(scale(matrix_a))

heatmap(mtscaled, Colv=F, scale='none')

ho cercato di seguire il messaggio: http://digitheadslabnotebook.blogspot.com/2011/06/drawing-heatmaps-in-r.html di Christopher Bare ma mi manca qualcosa. Qualsiasi idea sarebbe apprezzata. Ho allegato un'immagine della heatmap che sto ricevendo, così come il dendrogramma. L'immagine 3 è stata presa dal post di Christopher Bare. Grazie

Answer 1

Risulta avrei generato una matrice di distanza utilizzando qualche tipo di correlazione sui miei dati prima. Ho calcolato i valori di similarità sulla matrice usando pearson, quindi ho chiamato la funzione heapmap che ha semplificato il clustering dei dati. Una volta sono stato in grado di generare cluster, l'ho fatto in modo che si allineassero sulla diagonale. Sopra è come appare ora il risultato.Ho dovuto modificare il modo ho chiamato heatmap sul mio set di dati in modo che i grappoli si allineano lungo l'asse:

heatmap(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T)