R: ggplot: Errore: parametri sconosciuti: binwidth, bin, pad

Question

Voglio fare un istogramma molto semplice con ggplot2. Ho il seguente MWE:

library(ggplot2) 
mydf <- data.frame(
        Gene=c("APC","FAT4","XIRP2","TP53","CSMD3","BAI3","LRRK2","MACF1", 
        "TRIO","SETD2","AKAP9","CENPF","ERBB4","FBXW7","NF1","PDE4DIP", 
        "PTPRT","SPEN","ATM","FAT1","SDK1","SMG1","GLI3","HIF1A","ROS1", 
        "BRDT","CDH11","CNTRL","EP400","FN1","GNAS","LAMA1","PIK3CA", 
        "POLE","PRDM16","ROCK2","TRRAP","BRCA2","DCLK1","EVC2","LIFR", 
        "MAST4","NAV3"), 
        Freq=c(48,39,35,28,26,17,17,17,16,15,14,14,14,14,14,14,14,14,13, 
        13,13,13,12,12,12,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,10,10,10, 
        10,10,10)) 
mydf 
ggplot(mydf, aes(x=Gene)) + 
     geom_histogram(aes(y=Freq), 
     stat="identity", 
     binwidth=.5, alpha=.5, 
     position="identity") 

ho sempre usato questo semplice codice per la produzione di questo tipo di istogrammi.

In realtà, ho la trama di questo particolare esempio che ho fatto qualche tempo fa ...

Tuttavia, ora faccio funzionare questo codice esattamente lo stesso, e ottengo il seguente errore:

Error: Unknown parameters: binwidth, bins, pad

Perché trovo questo errore ora e non prima, e cosa significa?

Grazie mille!

Answer 1

io piuttosto userebbe dplyr (operatore pipe) per una chiara comprensione del codice:

mydf %>% #my data frame 
    as.data.frame %>% #if mydf is not a dataframe 
    ggplot(aes(x = Var, y = n)) 
     + geom_bar(aes(y = n), stat = "identity", position = "identity") 

Answer 2

geom_histogram() non è il modo più appropriato per tracciare conteggi di valori discreti.

Come hai pre-calcolato i valori di frequenza, usa invece geom_col(), quindi tutti gli errori scompariranno.

library(ggplot2) 
mydf <- data.frame(
       Gene=c("APC","FAT4","XIRP2","TP53","CSMD3","BAI3","LRRK2","MACF1", 
       "TRIO","SETD2","AKAP9","CENPF","ERBB4","FBXW7","NF1","PDE4DIP", 
       "PTPRT","SPEN","ATM","FAT1","SDK1","SMG1","GLI3","HIF1A","ROS1", 
       "BRDT","CDH11","CNTRL","EP400","FN1","GNAS","LAMA1","PIK3CA", 
       "POLE","PRDM16","ROCK2","TRRAP","BRCA2","DCLK1","EVC2","LIFR", 
       "MAST4","NAV3"), 
       Freq=c(48,39,35,28,26,17,17,17,16,15,14,14,14,14,14,14,14,14,13, 
       13,13,13,12,12,12,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,10,10,10, 
       10,10,10), stringsAsFactors = FALSE) 
mydf 
ggplot(mydf, aes(x=Gene, y=Freq)) + 
    geom_col() + 
    scale_x_discrete(limits = mydf$Gene) 

NB: anche bisogno di definire la colonna Gene come non è un fattore e scale_x_discrete() per evitare ordine alfabetico delle l'asse x.