Come visualizzare i confronti a coppie con `ggplot2`?

Question

Domanda

C'è una soluzione facile per visualizzare i confronti a coppie e le loro p.values ​​(o semplicemente ., *, **, ***) su un grafico a scatole costruito con ggplot?

Una funzione già integrata (o qualcosa di così conveniente) sarebbe ottima!

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Di seguito è riportato un esempio si può lavorare su ..

Dummy dati

require(ggplot2) 
set.seed(11) 
n=15 
mu=1.2 
d = data.frame(y=c(rnorm(n), rnorm(n), rnorm(n,mu), rnorm(n,mu)),x=rep(LETTERS[1:4],each=n)) 

Grafico

ggplot(d, aes(y=y, x=x)) + geom_boxplot() 

Analisi statistica

m = aov(data=d, y~x) 
anova(m) 

# Analysis of Variance Table 

# Response: y 
#   Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
# x   3 34.074 11.358 16.558 8.021e-08 *** 
# Residuals 56 38.414 0.686 



TukeyHSD(m)$x 
     diff  lwr  upr  p adj 
B-A 0.1989620 -0.6018277 0.9997517 9.123300e-01 
C-A 1.3858613 0.5850716 2.1866510 1.504711e-04 
D-A 1.7658291 0.9650394 2.5666188 1.639309e-06 
C-B 1.1868993 0.3861096 1.9876890 1.337608e-03 
D-B 1.5668671 0.7660774 2.3676568 1.824795e-05 
D-C 0.3799678 -0.4208219 1.1807575 5.941266e-01 

Answer 1

Qui ci sono un paio di opzioni:

# Add means and bootstrap confidence intervals to the boxplots 
ggplot(d, aes(y=y, x=x)) + 
    geom_boxplot() + 
    stat_summary(fun.data=mean_cl_boot, geom="errorbar", colour="red", width=0.1) + 
    stat_summary(fun.y=mean, geom="point", colour="red") 

# Anova 
m = aov(data=d, y~x) 
anova(m) 

tky = as.data.frame(TukeyHSD(m)$x) 
tky$pair = rownames(tky) 

# Plot pairwise TukeyHSD comparisons and color by significance level 
ggplot(tky, aes(colour=cut(`p adj`, c(0, 0.01, 0.05, 1), 
          label=c("p<0.01","p<0.05","Non-Sig")))) + 
    geom_hline(yintercept=0, lty="11", colour="grey30") + 
    geom_errorbar(aes(pair, ymin=lwr, ymax=upr), width=0.2) + 
    geom_point(aes(pair, diff)) + 
    labs(colour="")