R nightmare: Yosemite, R, RStudio e Homebrew

Io uso un MacBook Pro 13 "Retina (fine 2013) con OS X Yosemite 10.10.2 Non vorrei che questo succeda al mio peggior nemico, forse ...R nightmare: Yosemite, R, RStudio e Homebrew

Nightmare in ordine cronologico:....

R scaricato e RStudio dai siti ufficiali
Ran entrambe le applicazioni un paio di volte, bene
installata Homebrew Ran "brew dottore" nel Terminal Brew medico ha detto i file R erano problematici
RStudio ha iniziato a comportarsi in modo strano.
Scaricato il pacchetto ggplot2 R tramite il mirror CRAN. 5 GB di dati hanno ostruito il file "private/var". Cancellati alcuni dati lì.
Mac è fuori di testa. Kernel panic fino a quando un Apple Store Genius ha cancellato il Mac e reinstallato OS X.

Voglio continuare a utilizzare R e RStudio. Domande:

Come faccio a fare questo senza far saltare nuovamente il Mac?
Come installare R e RStudio tramite Homebrew?
Devo prima installare XQuartz?
Cosa accadrebbe se installassi R e RStudio senza fili?
Quali conflitti tra R, RStudio e Homebrew dovrei riconoscere?
Quirk comuni di avere tutti Homebrew, R e RStudio installati?
Come faccio a far funzionare Homebrew, R e RStudio per sempre felici e contenti senza bruciare la casa?

Grazie!

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2015-03-12 Elan

Probabilmente hai avuto due installazioni di R in un punto. La versione "ufficiale" e una seconda versione di birra. Il manutentore della forcella Mac di R suggerisce di non utilizzare nessuno di Fink, Macport o homebrew perché le loro posizioni predefinite per i programmi sono diverse da quelle assunte nella versione standard di R che è distribuita in formato binario. Ci sono persone che usano la birra, ma sanno più di me o voi su come le interdipendenze sono gestite in Unix. –

Perché ottenere la R ufficiale per OS X da CRAN, ottenere un Rstudio ufficiale e quindi anche homebrew? Stai meglio con roba ufficiale o materiale generato esclusivamente da homebrew. In quest'ultimo caso sei da solo. Puoi ottenere tutti i compilatori richiesti da Apple e Fortran da [http://r.research.att.com/libs/](http://r.research.att.com/libs/) se devi compilare quando costruisci un pacchetto R perché sono stati utilizzati per generare R. Tutti i "file" da CRAN e tutti gli strumenti aggiuntivi richiesti hanno sempre funzionato da OS X 10.6.x fino a OS X Yosemite. – Bhas

Ho 3 sistemi OS X. Tutti 10.10.2. Tutti utilizzano l'ultimo RStudio (Anteprima), R 3.1.2 (binario ufficiale CRAN) e l'homebrew aggiornato. Nessun problema. – hrbrmstr

Come faccio a fare questo senza far saltare nuovamente il Mac?

Non provare a eliminare il file di scambio mentre il computer è in esecuzione! Se inizi a eliminare file di sistema casuali, avrai una brutta giornata.

Come installare R e RStudio tramite Homebrew?

È possibile installare R con brew install r. È possibile installare un RStudio binario usando l'homebrew-cask, come brew install Caskroom/cask/rstudio.

Devo prima installare XQuartz?

No, questo non dovrebbe più essere necessario.

Cosa accadrebbe se installassi R e RStudio senza viti?

Niente di male; brew doctor potrebbe riportare risultati, ma questi non sono errori e non si dovrebbe presumere che rappresentino problemi, sebbene siano utili a manutentori come me se si cerca aiuto per cercare di diagnosticare errori di compilazione in seguito.

Quali conflitti tra R, RStudio e Homebrew dovrei riconoscere?

Non ci sono conflitti importanti. Se si installano i compilatori da http://r.research.att.com/libs/, che non sono necessari se si utilizza una R prodotta, è possibile che in seguito si riscontrino problemi durante l'installazione di cose come gcc (che fornisce gfortran) da Homebrew.

Quirk comuni di avere tutti Homebrew, R e RStudio installati?

A partire da agosto 2015 i commenti di seguito non sono più necessari; i pacchetti sono ora installati in/usr/local/lib/R/x.y/site library per impostazione predefinita e dovrebbero sopravvivere a piccoli aggiornamenti R.

Se si utilizza un R preparato e si desidera che i pacchetti installati sopravvivano agli aggiornamenti minori di R, è possibile eseguire mkdir -p ~/Library/R/3.2/library e quindi R installerà i pacchetti su tale percorso per impostazione predefinita (collocando i pacchetti nella propria directory home e non in la cantina).

Come posso far funzionare Homebrew, R e RStudio per sempre felici e contenti senza bruciare la casa?

Vedi sopra!

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2015-03-14 03:37:30

Grazie Tim, ottimi consigli! Installato R e RStudio tramite Homebrew. – Elan

@TimSmith, dati tutti i pacchetti ora vai a '/ usr/local/lib/R/xy/site-library', cosa succede loro e cosa devo fare quando' R' si aggiorna alla versione maggiore più alta (es. da 'xy' a' xz')?E 'raccomandato o meglio specificare un percorso comune a cui i pacchetti di installazione 'R' preparati indipendentemente dalla versione' x.y' in modo che la versione successiva di un 'R' fermentato possa continuare ad usare i pacchetti? – skyork

Dato che R ha un concetto di directory di pacchetti con versioni, suppongo che R non prometta che i pacchetti con codice C compilato siano compatibili con le versioni minori di versioni binarie, quindi credo che l'uso di una directory di pacchetti non guidata possa causare arresti anomali dopo gli aggiornamenti di R. (Questo è il caso, ad esempio, di Python.) Tuttavia, non sono completamente sicuro di ciò; se riesci a trovare qualsiasi documentazione sulle promesse che R fa sulla compatibilità dei pacchetti rispetto agli aggiornamenti, sarei interessato! –

Guardando indietro a questo problema, considerando tutte le osservazioni utili e le risposte, per quanto riguarda i pacchetti R Download su un Mac con R e Homebrew già installato:

farlo nella console R all'interno dell'interfaccia RStudio, semplicemente digitando install.packages("name of the package")

Da quando avevo iniziato a scaricare pacchetti R direttamente in RStudio, non avevo avuto problemi. Il sistema è molto felice.

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2016-03-13 23:25:42 Elan

R nightmare: Yosemite, R, RStudio e Homebrew

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