Come per tracciare valori assoluti e le differenze tra gli intervalli di confidenza

Question

Nel follow-up della discussione sulla stackexchange ho cercato di implementare il seguente grafico

da

Cumming, G., & Finch, S. (2005). [Inferenza dell'occhio: intervalli di confidenza e come leggere le immagini dei dati] [5]. Psicologo americano, 60 (2), 170-180. doi: 10.1037/0003-066X.60.2.170

Condivido l'antipatia di alcune persone del doppio asse, ma penso che sia un uso corretto.

Sotto il mio tentativo parziale, manca ancora il secondo asse. Sto cercando alternative più eleganti, sono benvenute variazioni intelligenti.

library(lattice) 
library(latticeExtra) 
d = data.frame(what=c("A","B","Difference"), 
       mean=c(75,105,30), 
       lower=c(50,80,-3), 
       upper = c(100,130,63)) 

# Convert Differences to left scale 
d1 = d 
d1[d1$what=="Difference",-1] = d1[d1$what=="Difference",-1]+d1[d1=="A","mean"] 

segplot(what~lower+upper,centers=mean,data=d1,horizontal=FALSE,draw.bands=FALSE, 
     lwd=3,cex=3,ylim=c(0,NA),pch=c(16,16,17), 
     panel = function (x,y,z,...){ 
      centers = list(...)$centers 
      panel.segplot(x,y,z,...) 
      panel.abline(h=centers[1:2],lty=3) 
     }) 
## How to add the right scale, close to the last bar? 

Answer 1

par(mar=c(3,5,3,5)) 
plot(NA, xlim=c(.5,3.5), ylim=c(0, max(d$upper[1:2])), bty="l", xaxt="n", xlab="",ylab="Mean") 
points(d$mean[1:2], pch=19) 
segments(1,d$mean[1],5,d$mean[1],lty=2) 
segments(2,d$mean[2],5,d$mean[2],lty=2) 
axis(1, 1:3, d$what) 
segments(1:2,d$lower[1:2],1:2,d$upper[1:2]) 
axis(4, seq((d$mean[1]-30),(d$mean[1]+50),by=10), seq(-30,50,by=10), las=1) 
points(3,d$mean[1]+d$mean[3],pch=17, cex=1.5) 
segments(3,d$lower[3]+d$lower[2],3,d$lower[3]+d$upper[2], lwd=2) 
mtext("Difference", side=4, at=d$mean[1], line=3) 

Answer 2

penso che si può fare anche con la base R, che dire:

d = data.frame(what=c("A","B","Difference"), 
       mean=c(75,105,30), 
       lower=c(50,80,-3), 
       upper = c(100,130,63)) 

plot(-1,-1,xlim=c(1,3),ylim=c(0,140),xaxt="n") 

lines(c(1,1),c(d[1,3],d[1,4])) 
points(rep(1,3),d[1,2:4],pch=4) 

lines(c(1.5,1.5),c(d[2,3],d[2,4])) 
points(rep(1.5,3),d[2,2:4],pch=4) 

lines(c(2,2),c(d[3,3],d[3,4])) 
points(rep(2,3),d[3,2:4],pch=4) 

lines(c(1.5,2.2),c(d[2,2],d[2,2]),lty="dotted") 

axis(1, at=c(1,1.5,2), labels=c("A","B","Difference")) 
axis(4,at=c(40,80,120),labels=c(-1,0,1),pos=2.2) 

ho semplificato alcune cose e non hanno scritto come funzione, ma penso che il l'idea è chiara e potrebbe essere facilmente estesa a una funzione.

Answer 3

Come punto di partenza un'altra soluzione R base con Hmisc:

library(Hmisc) 

with(d1, 
    errbar(as.integer(what),mean,upper,lower,xlim=c(0,4),xaxt="n",xlab="",ylim=c(0,150)) 
    ) 
points(3,d1[d1$what=="Difference","mean"],pch=15) 
axis(1,at=1:3,labels=d1$what) 
atics <- seq(floor(d[d$what=="Difference","lower"]/10)*10,ceiling(d[d$what=="Difference","upper"]/10)*10,by=10) 
axis(4,at=atics+d1[d1=="A","mean"],labels=atics,pos=3.5) 

Answer 4

Vorrei anche andare con il grafico di base, in quanto include la possibilità di effettivamente avere due assi y, vedere the answer here:

Ecco il mio soultion che utilizza solo d:

xlim <- c(0.5, 3.5) 

plot(1:2, d[d$what %in% LETTERS[1:2], "mean"], xlim = xlim, ylim = c(0, 140), 
    xlab = "", ylab = "", xaxt = "n", bty = "l", yaxs = "i") 
lines(c(1,1), d[1, 3:4]) 
lines(c(2,2), d[2, 3:4]) 

par(new = TRUE) 
plot(3, d[d$what == "Difference", "mean"], ylim = c(-80, 130), xlim = xlim, 
    yaxt = "n", xaxt = "n", xlab = "", ylab = "", bty = "n") 
lines(c(3,3), d[3, 3:4]) 
Axis(x = c(-20, 60), at = c(-20, 0, 20, 40, 60), side = 4) 
axis(1, at = c(1:3), labels = c("A", "B", "Difference")) 

che dà:

per renderlo più chiaro che la differenza è qualcosa di diverso, è possibile aumentare la distanza dagli altri due punti:

xlim <- c(0.5, 4) 
plot(1:2, d[d$what %in% LETTERS[1:2], "mean"], xlim = xlim, ylim = c(0, 140), 
    xlab = "", ylab = "", xaxt = "n", bty = "l", yaxs = "i") 
lines(c(1,1), d[1, 3:4]) 
lines(c(2,2), d[2, 3:4]) 

par(new = TRUE) 
plot(3.5, d[d$what == "Difference", "mean"], ylim = c(-80, 130), xlim = xlim, 
    yaxt = "n", xaxt = "n", xlab = "", ylab = "", bty = "n") 
lines(c(3.5,3.5), d[3, 3:4]) 
Axis(x = c(-20, 60), at = c(-20, 0, 20, 40, 60), side = 4) 
axis(1, at = c(1,2,3.5), labels = c("A", "B", "Difference"))