chiama RMarkdown sulla riga di comando utilizzando a.R che ha passato un file

Question

In sintesi, sto usando il mio script 'Graphs.R' su 'input_file1.txt' in RStudio per creare un Rmd che poi metto a lavorare in html. Vorrei automatizzare questo processo per eseguire più file sulla riga di comando.

Finora, posso ottenere il rscript per l'esecuzione su riga di comando utilizzando:

rscript Graphs.R input_file1.txt

so anche che posso creare un file .RMD utilizzando:

rscript -e rmarkdown :: render (Graphs.R)

Tuttavia, vorrei fare quanto segue:

rscript -e rmarkdown :: render ('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

sono lì qualsiasi idee come come fare questo?

Answer 1

Non è del tutto chiaro cosa si stia tentando di fare. Sembra che tu abbia un file di testo che deve essere convertito in un Rmd da uno script R (perché non è solo un Rmd per cominciare?) E poi vuoi rendere il Rmd. È possibile farlo eseguendo questi comandi nel terminale:

Rscript Graphs.R 
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')" 

Il primo comando esegue il file Graphs.R che genera presumibilmente output_file.Rmd. Il secondo comando esegue un one-liner che unisce output_file.Rmd in output_file.html.

Se si desidera leggere gli argomenti della riga di comando in un file R, provare? commandArgs.

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 

Vedere anche questo Stack Overflow question.