R Knitr PDF: Esiste la possibilità di salvare automaticamente i report PDF (generati da .Rmd) attraverso un ciclo?

Question

Vorrei creare un ciclo, che mi consente di salvare automaticamente i rapporti PDF, che sono stati generati da un file .Rmd. Ad esempio, se una variabile "ID" ha 10 righe, vorrei che R mi salvi automaticamente 10 rapporti, in una directory specifica. Questi rapporti possono variare in base all'ID selezionato.

un post precedente (Using loops with knitr to produce multiple pdf reports... need a little help to get me over the hump) si è occupata della creazione di più report in formato PDF generati da .Rnw file. Ho cercato di applicare l'approccio come segue:

#Data 

```{r, include=FALSE} 
set.seed(500) 
Score <- rnorm(40, 100, 15) 
Criteria1<-rnorm(40, 10, 5) 
Criteria2<-rnorm(40, 20, 5) 
ID <- sample(1:1000,8,replace=T) 
df <- data.frame(ID,Score,Criteria1,Criteria2) 

#instead of manually choosing the ID: 

subgroup<- subset(df, ID==1) 

# I would like to subset the Data through a loop. My approach was like like this: 

for (id in unique(df$ID)){ 
subgroup<- df[df$ID == id,]} 

``` 

```{r, echo=FALSE} 
#Report Analysis 

summary(subgroup) 
``` 
#Here will be some text about the summary. 



# At the end the goal is to produce automatic pdf reports with the ID name as a filename: 

library("rmarkdown") 
render("Automated_Report.rmd",output_file = paste('report.', id, '.pdf', sep='')) 

Answer 1

Adattamento tuo esempio:

È necessario un solo file .rmd "modello". Potrebbe essere qualcosa di simile, salvarlo come template.rmd.

This is a subgroup report. 

```{r, echo=FALSE} 
#Report Analysis 
summary(subgroup) 
``` 

Quindi, è necessario uno script R che caricherà i dati desiderati, ciclo attraverso i sottoinsiemi di dati, e per ogni sottoinsieme

1. definire l'oggetto subgroup utilizzato all'interno del template
2. render il modello per l'output desiderato

Quindi, in questo script separato:

# load data 
set.seed(500) 
Score <- rnorm(40, 100, 15) 
Criteria1<-rnorm(40, 10, 5) 
Criteria2<-rnorm(40, 20, 5) 
ID <- sample(1:1000,8,replace=T) 
df <- data.frame(ID,Score,Criteria1,Criteria2) 

library("rmarkdown") 

# in a single for loop 
# 1. define subgroup 
# 2. render output 
for (id in unique(df$ID)){ 
    subgroup <- df[df$ID == id,] 
    render("template.rmd",output_file = paste0('report.', id, '.html'))  
} 

Questo prodotto 8 file html nella mia directory di lavoro, ciascuno con una sintesi di un diverso sottoinsieme dei dati.

Nota che questo non funziona se si prova a cliccare sul pulsante "maglia" dentro RStudio, come che esegue il codice R in una sessione separata R. Tuttavia, quando si esegue esplicitamente la console utilizzando render (o knit2pdf), il codice R nel file rmd ha ancora accesso all'ambiente globale.

Un'opzione diversa per raggiungere questo obiettivo sarebbe utilizzare il pacchetto brew.