Ubuntu graphviz 'sfdp' non funziona

Question

Sto provando a creare alcuni grafici Networkx Graphviz.

Dopo l'esecuzione: pos = nx.graphviz_layout(G, prog = 'sfdp'). È verificato un errore, dicendo:

Error: remove_overlap: Graphviz not built with triangulation library 

Dopo qualche Google ricerche ho scoperto che GTS è il problema. Bug report dichiarato:

The Graphviz package is built --without-gts. This is bad news for sfdp, which complains “Error: remove_overlap: Graphviz not built with triangulation library” and fails to produce the beautiful output it creates when compiled --with-gts

Guardando commenti (su segnalazione di bug), qualcuno ha detto che le fonti a monte per Graphviz sono mantenuti a link, ma non riuscivo a trovare le nuove versioni da scaricare.

Sulla confezione list Ho l'ultima (2,36 per fidata).

Chiunque abbia problemi con sfdp?

Qualsiasi aiuto sarà molto apprezzato!

Answer 1

ho potrebbe averlo lavorare per Ubuntu 14.04, YMMV

Scarica i seguenti pacchetti graphviz direttamente da https://packages.debian.org/search?keywords=graphviz

• graphviz_2.38.0-13_amd64.deb
• libcgraph6_2.38.0-13_amd64. deb
• libgvc6_2.38.0-13_amd64.deb
• libgvpr2_2.38.0-13_amd64.deb
• libltdl7_2.4.6-0.1_amd64.deb
• pitone pygraphviz_1.3.1-1_amd64.deb

Ho usato versione 2.38.0-13 dalla (test) gruppo stirata. Sarà necessario rimuovere la libltdl7 32bit se presente:

sudo apt-get remove libltdl7:i386 

installare i pacchetti direttamente con

sudo dpkg -i graphviz_2.38.0-13_amd64.deb  
sudo dpkg -i libcgraph6_2.38.0-13_amd64.deb libgvc6_2.38.0-13_amd64.deb libgvpr2_2.38.0-13_amd64.deb libltdl7_2.4.6-0.1_amd64.deb 

Ci si può aspettare errori di dipendenza. Li ho chiarito con:

sudo apt-get install -f 

E poi reinstallare

sudo dpkg -i graphviz_2.38.0-13_amd64.deb 
sudo dpkg -i python-pygraphviz_1.3.1-1_amd64.deb 

L'errore non è più appeares anche se mi sarebbe difficile messi a dire i grafici sono meglio.

Answer 2

So che la domanda è per Ubuntu, ma nel caso in cui qualcuno sta avendo lo stesso problema su MacOS utilizzando homebrew i seguenti ha lavorato per me:

brew reinstall graphviz --with-gts 

Answer 3

Per gli utenti di Ubuntu, ecco come Ho ottenuto grapviz per lavorare su 16.04, compilando graphviz-2.40.1 dalla sorgente:

In un primo passaggio, è necessario installare GTS, poiché graphviz cerca lo gts.pc file.

running apt-file search gts.pc me impara devo installare 'libgts-dev':

sudo apt install libgts-dev 

prossima make pkg-config consapevoli dei file:

pkg-config --libs gts 

pkg-config --cflags gts 

corsa configure per linkare la libreria GTS:

./configure --with-gts --prefix ~ 
make 
make install 

SFDP non genera l'errore 'errore: remove_overlap: Graphviz non costruito con libreria di triangolazione '

I codici della riga di comando per la configurazione pkg modificata dalla risposta this.